獲取 ImportError /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version 'CXXABI_1.3.11' not found

Question

我目前正在嘗試運行一個使用 RDKit 的 Python 程序，但遇到了錯誤。 開門見山，完整的回溯是：

Traceback (most recent call last):
  File "./main.py", line 4, in <module>
    from train import Trainer
  File "/home/user1/repo1/train.py", line 12, in <module>
    from utils import make_batches
  File "/home/user1/repo1/utils.py", line 9, in <module>
    from rdkit import Chem, DataStructs
  File "/home/user1/anaconda3/envs/user1conda/lib/python3.7/site-packages/rdkit/Chem/__init__.py", line 18, in <module>
    from rdkit import DataStructs
  File "/home/user1/anaconda3/envs/user1conda/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/__init__.py", line 13, in <module>
    from rdkit.DataStructs import cDataStructs
ImportError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.11' not found (required by /home/user1/anaconda3/envs/user1/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/../../../../libRDKitDataStructs.so.1)

我查看了這個 Git 問題並嘗試了那里的所有建議，但沒有一個奏效。 我還查看了以下堆棧溢出問題： uwsgi: /usr/lib/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicuuc .so.55和/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found [關閉]但答案也無法解決我的問題。

欲了解更多信息：

1. 操作系統：Ubuntu 16.04
2. Python版本：3.7.5
3. echo $LD_LIBRARY_PATH輸出目前什么都沒有（我試圖將其設置為答案所建議的）。
4. 我目前正在使用 Conda 環境，並且還從 Anaconda 下載了 RDKit。

有誰知道潛在的問題可能是什么？ 我有點困惑，因為似乎沒有任何工作，我不知道從哪里開始診斷問題。 提前致謝。

Answer 1

（這已經在 StackOverflow 上回答了數百次）

這意味着libRDKitDataStructs.so.1庫是由新版本的 GCC 構建的，而您的系統編譯器是舊版本。 該庫取決於新版本附帶的libstdc++.so版本，但它會從您的系統編譯器中找到舊版本。

您需要確保運行時鏈接器知道如何找到新的libstdc++.so ，請參閱https://gcc.gnu.org/onlinedocs/libstdc++/faq.html#faq.how_to_set_paths和https://gcc.gnu.org /onlinedocs/libstdc++/manual/using_dynamic_or_shared.html#manual.intro.using.linkage.dynamic

Answer 2

對於所有遇到類似問題的人，請使用以下命令更新您的 Anaconda/Miniconda：

conda deactivate

conda update conda

它對我有用，希望它可以幫助某人。