获取 ImportError /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version 'CXXABI_1.3.11' not found

Question

我目前正在尝试运行一个使用 RDKit 的 Python 程序，但遇到了错误。 开门见山，完整的回溯是：

Traceback (most recent call last):
  File "./main.py", line 4, in <module>
    from train import Trainer
  File "/home/user1/repo1/train.py", line 12, in <module>
    from utils import make_batches
  File "/home/user1/repo1/utils.py", line 9, in <module>
    from rdkit import Chem, DataStructs
  File "/home/user1/anaconda3/envs/user1conda/lib/python3.7/site-packages/rdkit/Chem/__init__.py", line 18, in <module>
    from rdkit import DataStructs
  File "/home/user1/anaconda3/envs/user1conda/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/__init__.py", line 13, in <module>
    from rdkit.DataStructs import cDataStructs
ImportError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.11' not found (required by /home/user1/anaconda3/envs/user1/lib/python3.7/site-packages/rdkit/DataStructs/../../../../libRDKitDataStructs.so.1)

我查看了这个 Git 问题并尝试了那里的所有建议，但没有一个奏效。 我还查看了以下堆栈溢出问题： uwsgi: /usr/lib/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicuuc .so.55和/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found [关闭]但答案也无法解决我的问题。

欲了解更多信息：

1. 操作系统：Ubuntu 16.04
2. Python版本：3.7.5
3. echo $LD_LIBRARY_PATH输出目前什么都没有（我试图将其设置为答案所建议的）。
4. 我目前正在使用 Conda 环境，并且还从 Anaconda 下载了 RDKit。

有谁知道潜在的问题可能是什么？ 我有点困惑，因为似乎没有任何工作，我不知道从哪里开始诊断问题。 提前致谢。

Answer 1

（这已经在 StackOverflow 上回答了数百次）

这意味着libRDKitDataStructs.so.1库是由新版本的 GCC 构建的，而您的系统编译器是旧版本。 该库取决于新版本附带的libstdc++.so版本，但它会从您的系统编译器中找到旧版本。

您需要确保运行时链接器知道如何找到新的libstdc++.so ，请参阅https://gcc.gnu.org/onlinedocs/libstdc++/faq.html#faq.how_to_set_paths和https://gcc.gnu.org /onlinedocs/libstdc++/manual/using_dynamic_or_shared.html#manual.intro.using.linkage.dynamic

Answer 2

对于所有遇到类似问题的人，请使用以下命令更新您的 Anaconda/Miniconda：

conda deactivate

conda update conda

它对我有用，希望它可以帮助某人。