使用 scanpy 運行 paga 時出現 ModuleNotFoundError

Question

我嘗試使用 scanpy 庫在下面運行代碼，但由於某種原因它報告了錯誤

ModuleNotFoundError: No module named 'igraph'

import numpy as np
import scanpy as sc 
import anndata

adata = anndata.AnnData(np.random.rand(300,300))
sc.tl.pca(adata, n_comps=30)
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=16)
sc.tl.diffmap(adata, n_comps=50)
sc.tl.louvain(adata, resolution=1)
sc.pl.paga(adata)

Answer 1

您只需要使用命令運行安裝 igraph 庫

pip install python-igraph