R 嘗試從 Artifactory 安裝舊的不可用軟件包

Question

解決方案

刪除 Artifactory 緩存中的.RDS 。

---

問題

我在 Ubuntu 上使用 R 3.6.2 和 CRAN 的企業鏡像時遇到了一個非常奇怪的問題。 假設我運行以下命令：

install.packages('rlang')

我得到的是找不到0.4.2版本。 當我手動查看存儲庫時，我發現0.4.2確實不存在，但0.4.3確實存在。 首先，我認為存儲庫存儲索引的PACKAGES文件有問題。 但我查看了它，它指向rlang的正確和可用版本。

執行install.packages()時，R 從哪里獲取它放入查詢 URL 的版本號？

更新

我試過install.packages("http://private.com/src/contrib/rlang_0.4.3.tar.gz", repos=NULL)並且它有效。 接下來我將嘗試在新的 Ubuntu 環境中復制該問題。 也許我在安裝 R 並將其升級到 3.6.2 時搞砸了

---

當我降級到 R 版本 3.4.4 時，問題仍然存在。 可能跟企業鏡像有關吧？ 我會嘗試一個官方的。

---

感謝 Dirks 的回答，我通過available.packages()發現鏡像有問題，而不是 R 安裝有問題。

> AP <- available.packages()
> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ]
> str(res)
 Named chr [1:17] "rlang" "0.4.2" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
 - attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...

由於鏡像中PACKAGES的可讀版本包含0.4.3我認為PACKAGES.rds有問題。 接下來，我將嘗試讀入該對象以確認我的假設。

---

Dirk 建議我檢查索引的時間戳，我想我發現了問題。 0.4.3不久前發布。 雖然可讀索引僅在其他幾個之前更新，但.rds文件（可能由 R 使用）自2020-01-16以來一直沒有更新。 因此，R 嘗試下載不再屬於存儲庫的版本。

現在我想知道誰負責更新RDS文件？ 存儲庫本身？ 我會在下次報告......也許在隨機批處理作業更新存儲庫后問題會自行解決。

rlang 包：

時間戳：

包內容：

---

我手動下載了PACKAGES.rds並在其上使用了readRDS() 。 它指向舊版本。 我還檢查了鏡像的回購。 它的PACKAGES.rds指向正確的版本。 此外，我確保問題獨立於我使用的發行版和圖像而持續存在。

Answer 1

你可以問R這個問題！ available.packages()函數告訴您它知道的“一切”，其中一個條目是“Repository”。

所以：

R> AP <- available.packages()       ## all known packages given options("repos")
R> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ]  ## find rlang
R>
R> str(res)
 Named chr [1:17] "rlang" "0.4.3" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
 - attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...
R> 
R> names(res)
 [1] "Package"               "Version"              
 [3] "Priority"              "Depends"              
 [5] "Imports"               "LinkingTo"            
 [7] "Suggests"              "Enhances"             
 [9] "License"               "License_is_FOSS"      
[11] "License_restricts_use" "OS_type"              
[13] "Archs"                 "MD5sum"               
[15] "NeedsCompilation"      "File"                 
[17] "Repository"           
R> 
R> res["Repository"]
                               Repository 
"https://cloud.r-project.org/src/contrib" 
R> 

這並不奇怪，因為這是我使用的默認配置（並在 Debian / Ubuntu 包中編碼）的默認存儲庫。

Answer 2

如果你這樣做

?install.packages()

它將為您提供有關進行檢索的函數的一些信息，您可以輸入一個“repo”參數。 大多數情況下，如果我有軟件包安裝問題並且不太擔心運行以下程序的確切版本：

install.packages("rlang", dependencies = TRUE)

通常對我很好