[英]how to install R packages from artifactory remote repo and pass credentials
[英]R tries to install old not available packages from Artifactory
删除 Artifactory 缓存中的.RDS
。
我在 Ubuntu 上使用 R 3.6.2 和 CRAN 的企业镜像时遇到了一个非常奇怪的问题。 假设我运行以下命令:
install.packages('rlang')
我得到的是找不到0.4.2
版本。 当我手动查看存储库时,我发现0.4.2
确实不存在,但0.4.3
确实存在。 首先,我认为存储库存储索引的PACKAGES
文件有问题。 但我查看了它,它指向rlang
的正确和可用版本。
执行install.packages()
时,R 从哪里获取它放入查询 URL 的版本号?
我试过install.packages("http://private.com/src/contrib/rlang_0.4.3.tar.gz", repos=NULL)
并且它有效。 接下来我将尝试在新的 Ubuntu 环境中复制该问题。 也许我在安装 R 并将其升级到 3.6.2 时搞砸了
当我降级到 R 版本 3.4.4 时,问题仍然存在。 可能跟企业镜像有关吧? 我会尝试一个官方的。
感谢 Dirks 的回答,我通过available.packages()
发现镜像有问题,而不是 R 安装有问题。
> AP <- available.packages()
> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ]
> str(res)
Named chr [1:17] "rlang" "0.4.2" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
- attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...
由于镜像中PACKAGES
的可读版本包含0.4.3
我认为PACKAGES.rds
有问题。 接下来,我将尝试读入该对象以确认我的假设。
Dirk 建议我检查索引的时间戳,我想我发现了问题。 0.4.3
不久前发布。 虽然可读索引仅在其他几个之前更新,但.rds
文件(可能由 R 使用)自2020-01-16
以来一直没有更新。 因此,R 尝试下载不再属于存储库的版本。
现在我想知道谁负责更新RDS
文件? 存储库本身? 我会在下次报告......也许在随机批处理作业更新存储库后问题会自行解决。
我手动下载了PACKAGES.rds
并在其上使用了readRDS()
。 它指向旧版本。 我还检查了镜像的回购。 它的PACKAGES.rds
指向正确的版本。 此外,我确保问题独立于我使用的发行版和图像而持续存在。
你可以问R这个问题! available.packages()
函数告诉您它知道的“一切”,其中一个条目是“Repository”。
所以:
R> AP <- available.packages() ## all known packages given options("repos")
R> res <- AP[ AP[,1] == "rlang", ] ## find rlang
R>
R> str(res)
Named chr [1:17] "rlang" "0.4.3" NA "R (>= 3.2.0)" NA NA ...
- attr(*, "names")= chr [1:17] "Package" "Version" "Priority" "Depends" ...
R>
R> names(res)
[1] "Package" "Version"
[3] "Priority" "Depends"
[5] "Imports" "LinkingTo"
[7] "Suggests" "Enhances"
[9] "License" "License_is_FOSS"
[11] "License_restricts_use" "OS_type"
[13] "Archs" "MD5sum"
[15] "NeedsCompilation" "File"
[17] "Repository"
R>
R> res["Repository"]
Repository
"https://cloud.r-project.org/src/contrib"
R>
这并不奇怪,因为这是我使用的默认配置(并在 Debian / Ubuntu 包中编码)的默认存储库。
如果你这样做
?install.packages()
它将为您提供有关进行检索的函数的一些信息,您可以输入一个“repo”参数。 大多数情况下,如果我有软件包安装问题并且不太担心运行以下程序的确切版本:
install.packages("rlang", dependencies = TRUE)
通常对我很好
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