如何在 python 中使用 pandas 對多個 DataFrame 執行外部合並

Question

我有 125 個具有相同列名的 csv 文件。 我想合並所有這些（on=column）。 我嘗試了以下代碼，但它不起作用（似乎它在無限循環中運行）。

filelist = glob.glob('*.csv')
dflist = []
for filename in filelist:
df = pd.read_csv(filename)
dflist.append(df)
df_2 = reduce(lambda  left,right: pd.merge(left,right,on=['gene_id'],how='outer'), dflist)

我不能像 df_new = pd.concat([df1, df2, df3, df4], axis=1)) 那樣使用 pd.concat，因為 csv 文件的行長不同。

還有其他方法可以對多個文件執行 pd.merge 嗎？

提前致謝！！

Answer 1

試試這個代碼。

filelist = glob.glob('*.csv')
merged_df = pd.read_csv(filelist[0])

for filename in filelist:
    df = pd.read_csv(filename)
    merged_df = pd.merge(merged_df, df, on = ['gene_id'], how = 'outer')