使用 R 從 RNAseq 結果摘要文件中提取多個基因集的數據

Question

我正在嘗試從 RNAseq 結果摘要文件中提取幾個基因集的數據：

示例基因列表：

我正在使用 Excel 首先突出顯示重復的基因，對摘要文件進行排序，然后復制我需要的數據。 這很耗時，而且 Excel 在排序時總是“凍結”，特別是對於大基因列表。

我想知道 R 是否可以做得更好。 如果 R 可以成為更好的解決方案，有人可以提供代碼嗎？

Answer 1

我想我得到了解決方案，盡管我仍然需要一一處理這些列表。 無論如何，它比 Excel 快。 :)

# read the RNAseq result summary file
result <- read_excel("RNAseq_Result.xlsx")

# read the gene lists file
geneset <- read_excel("Gene set list.xlsx")

# read one specific list from the gene lists file
ListA <- geneset$ListA

#subsetting
ResultListA <- result[(result$Gene_name) %in% ListA, ]

#output file
write.csv(ResultListA, 'ResultListA.csv')