3D 密度 plot（來自 3D 散點圖）

Question

我正在尋找生成 3D 密度 plot，不透明度描繪區域內的密度（例如，高密度區域顯示深紅色和低密度透明淺紅色）。 類似於此頁面上的 2D 圖表； https://www.r-graph-gallery.com/2d-density-chart.html

作為另一層困難，我希望描繪密度的顏色根據 label（在本例中為細胞類型）而變化。 但我實際上很難找到合適的方法來生成 3D 密度 plot。 有什么建議么？

我用 Wolfram 語言越過了這個； https://reference.wolfram.com/language/ref/DensityPlot3D.html但我希望使用 R 作為我的手段。

作為使用的示例，請參見下面使用 plotly 制作的

set.seed(123)
gene_x <- rnorm(500, mean=280, sd=100)
gene_y <- rnorm(500, mean = 450, sd=150)
gene_z <- rnorm(500, mean = 340, sd=80)
celltype1 <- data.frame(gene_x,gene_y,gene_z)
celltype1['celltype'] = "neuron"
gene_x <- rnorm(400, mean= 60, sd=150)
gene_y <- rnorm(400, mean = 40, sd=100)
gene_z <- rnorm(400, mean = 110, sd=50)
celltype2 <- data.frame(gene_x,gene_y,gene_z)
celltype2['celltype'] = "astrocyte"
df <- rbind(celltype1,celltype2)

library("plotly")
plot_ly(x=df$gene_x, y=df$gene_y, z=df$gene_z, type="scatter3d", mode="markers", color = df$celltype, marker = list(size = 4))

Answer 1

您可以使用rgl package 獲得 3d plot。 在您的 dataframe df上，使用以下代碼：

library(rgl)
mycolor <- c("red", "blue")
open3d()
plot3d(x=df$gene_x, y=df$gene_y, z=df$gene_z, size=4, col=mycolor )

給出這個 output：

請查看rgl package 以根據您的需要進一步增強。