R ggplot2：如何繪制具有純色和透明筆划並根據顏色着色的geom_points？

Question

我想做一個散點圖 plot 每個點都有一個球體。 點及其球體都根據某些列值着色。

一個顯示我想要的最小示例：

library(ggplot2)
library(vcd) # only needed for example dataset
ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
    geom_point(aes(color=Sex), size=10, alpha=.3) + 
    geom_point(aes(color=Treatment), size=3)

這個“解決方案”的問題在於，使用兩個geom_point圖層似乎搞砸了傳說。 我想只有一個geom_point圖層並使用還添加筆畫的形狀也會更有意義，所以像這樣：

ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
    geom_point(aes(color=Sex, fill=Treatment), shape=21, size=5, stroke=5)

這里的傳說更有意義，但是，我不知道如何使筆觸透明。 這很重要，因為當點重疊時您將看不到任何東西。

像這樣的答案不能解決我的問題，因為它們使用恆定的顏色，因此可以使用 function alpha 。 但是，我不知道是否以及如何將它與依賴於數據的 colors 一起使用。

TL;DR：如何繪制具有純色和透明筆划但不是恆定geom_points的 geom_points？

Answer 1

您在正確的軌道上認識到您可以使用 function alpha() ，並且已經意識到您不能只將alpha()放在aes()中。 但是，您可以在任何scale_*函數中將alpha()作為values=參數傳遞。 這是使用mtcars的示例：

ggplot(mtcars, aes(mpg, disp)) + 
  geom_point(
    aes(color=factor(cyl), fill=factor(carb)),
    shape=21, size=4, stroke=4) +
  scale_color_manual(values=alpha(rainbow(3), 0.2))

一個問題是“ factor(carb)圖例周圍的那些大黑線不適合我。超級ew。你可以使用guides() function並使用override.aes=來指定你的內容想要在那里顯示以及用什么替換它。在這種情況下，您可以設置color=NA以覆蓋繼承的審美為透明（僅保留fill=部分）。

ggplot(mtcars, aes(mpg, disp)) + 
  geom_point(
    aes(color=factor(cyl), fill=factor(carb)),
    shape=21, size=4, stroke=4) +
  scale_color_manual(values=alpha(rainbow(3), 0.2)) +
  guides(fill=guide_legend(override.aes = list(color=NA))) +
  labs(color="cyl", fill="carb")

順便說一句，沒有簡單的方法可以將筆畫“放在” geom_point的填充部分“后面”。 您可能可以為此編寫自己的自定義 stat/geom，但geom_point總是先用填充繪制，然后是描邊。

Answer 2

解決此問題的一種簡單方法是使較大的透明圓圈根本不是點，而是實心圓圈。 這樣你就可以使用fill美學來 label 他們。 這使用來自geom_circle的ggforce ：

library(ggplot2)
library(vcd)
library(ggforce)

ggplot(Arthritis) + 
  geom_circle(aes(x0 = ID, y0 = Age, r = 2, fill = Sex), alpha = .3, colour = NA) +
  geom_point(aes(x = ID, y = Age, color = Treatment), size = 3) + 
  coord_equal() + 
  scale_color_discrete(h = c(350, 190))

^{由代表 package (v0.3.0) 於 2020 年 7 月 1 日創建}

Answer 3

或者制作第二個色標！

library(ggplot2)
library(vcd) 
#> Loading required package: grid
library(ggnewscale)

ggplot(Arthritis, aes(x = ID, y = Age)) + 
  ## removing stroke so it does not have this awkward border around it
  geom_point(aes(color=Sex), size=10, alpha=.3, stroke = 0) +
  new_scale_color()+
  geom_point(aes(color=Treatment), size=3) 

^{由代表 package (v2.0.1) 於 2022 年 6 月 15 日創建}