無法在 CentOS7 上安裝 Facebook 先知的 R 庫

Question

我正在嘗試在 centOS 7 上為 Facebook 的prophet安裝R庫。為了便於重現，我提供了一個dockerfile和命令。

FROM centos:7

RUN yum -y install epel-release
RUN yum -y groupinstall "Development Tools"
RUN yum -y install proj

RUN yum -y install udunits2-devel
RUN yum -y install openssl-devel
RUN yum -y install libjpeg-turbo-devel
RUN yum -y install libcurl-devel

RUN yum -y install v8-devel

RUN yum -y install R

要構建 dockerfile，請使用以下命令。

docker build -t test_prophet_installation .

構建完成后，我使用下一個命令運行容器。

docker run -it --entrypoint=/bin/bash test_prophet_installation

現在，我在我的容器里。 我嘗試使用以下命令安裝prophet 。

su - -c "R -e \"install.packages('prophet', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

上面的命令說，對一個依賴prophet即rstan安裝失敗。 所以我嘗試使用以下命令安裝“rstan”。

su - -c "R -e \"install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/')\"" 

運行上述命令后，出現以下錯誤。

Error in .shlib_internal(args) :
  C++14 standard requested but CXX14 is not defined
* removing '/usr/lib64/R/library/rstan'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpsPDQ9G/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Warning messages:
1: In install.packages("rstan", repos = "http://cran.rstudio.com/") :
  installation of package 'rstan' had non-zero exit status
2: In file.create(f.tg) :
  cannot create file '/usr/share/doc/R-3.6.0/html/packages.html', reason 'No such file or directory'
3: In make.packages.html(.Library) : cannot update HTML package index

我嘗試了幾乎所有來自谷歌的故障排除來解決上述錯誤仍然沒有運氣。 我想，我沒有正確設置一些環境變量。

Answer 1

這里的問題是，使用時yum groupinstall "Development Tools" ，安裝GCC 4.8.5是，因此不支持C ++ 14（因為你可以看到這里）。

為了解決這個問題，您需要添加以下內容：

RUN yum -y install centos-release-scl
RUN yum -y install devtoolset-8-gcc*

RUN scl enable devtoolset-8 sh

最重要的是，您必須為rstan定義rstan 。 你可以在這里找到解釋： https : //github.com/stan-dev/rstan/issues/569

我創建了這個 Makevars：

CXX14 = g++ -std=c++1y -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -fPIC

並在我的 Dockerfile 中添加了一個 COPY：

COPY Makevars /root/.R/Makevars

我正在使用以下命令下載軟件包：

install.packages('rstan', repos='http://cran.rstudio.com/', dependencies = TRUE)

有些事情仍然沒有按預期工作，但這是向前邁出的一步。

編輯：這種方法不起作用，因為系統一直使用舊的 g++。 我最終使用了 docker 鏡像centos/devtoolset-7-toolchain-centos7:latest 。