使用 trackpy 進行粒子跟蹤會出現“keframe”錯誤？

Question

我有 1000 幀的 tiff 圖像堆棧，我試圖在其中跟蹤以布朗運動擴散的粒子。 所以我使用 trackpy 進行粒子跟蹤：導入 tiff 堆棧，定位特征（粒子），然后 plot 它們的軌跡。 我正在使用以下代碼（來自 trackpy 演練頁面）：

import pims
import trackpy as tp 
frames = pims.open("image.tif")
f = tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

但是最后一行 (tp.locate) 給出了回溯：

AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-78-0fbce96715a7> in <module>
----> 1 f = tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

~\anaconda3\lib\site-packages\slicerator\__init__.py in __getitem__(self, i)
    186                 indices, new_length = key_to_indices(i, len(self))
    187                 if new_length is None:
--> 188                     return self._get(indices)
    189                 else:
    190                     return cls(self, indices, new_length, propagate_attrs)

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\base_frames.py in __getitem__(self, key)
     96         """__getitem__ is handled by Slicerator. In all pims readers, the data
     97         returning function is get_frame."""
---> 98         return self.get_frame(key)
     99 
    100     def __iter__(self):

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\tiff_stack.py in get_frame(self, j)
    119         t = self._tiff[j]
    120         data = t.asarray()
--> 121         return Frame(data, frame_no=j, metadata=self._read_metadata(t))
    122 
    123     def _read_metadata(self, tiff):

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\tiff_stack.py in _read_metadata(self, tiff)
    124         """Read metadata for current frame and return as dict"""
    125         # tags are only stored as a TiffTags object on the parent TiffPage now
--> 126         tags = tiff.keyframe.tags
    127         md = {}
    128         for name in ('ImageDescription', 'image_description'):

~\anaconda3\lib\site-packages\skimage\external\tifffile\tifffile.py in __getattr__(self, name)
   2752             setattr(self, name, value)
   2753             return value
-> 2754         raise AttributeError(name)
   2755 
   2756     def __str__(self):

AttributeError: keyframe

我哪里錯了？ 我也試過使用

imageio.imread("image.tif")

導入圖像然后使用

f=tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

來定位粒子。 但是這個 output 應該是 x 和 y 坐標的數據，就像這樣

而我得到的只是 x 軸：

Answer 1

我剛剛遇到了同樣的問題，並通過在我的 anaconda 提示符中輸入“conda install pims”解決了這個問題。 我以前做過“pip install pims”，但我認為它搞砸了。