devtools::install_github 在 R4.0.03 中失敗

Question

我最近升級到 R4.0.3 並且 devtools::install_github 似乎不再工作。 例如。

> install_github('MacoskoLab/liger')
Using github PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo MacoskoLab/liger@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  download from 'https://api.github.com/repos/MacoskoLab/liger/tarball/HEAD' failed

或者

install_github("NathanSkene/MAGMA_Celltyping")
Using github PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo NathanSkene/MAGMA_Celltyping@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  download from 'https://api.github.com/repos/NathanSkene/MAGMA_Celltyping/tarball/HEAD' failed

我不完全清楚它是 devtools，還是 utils::download.file 或 R 本身在這里已經失控了。 歡迎任何建議！

Answer 1

原來這個問題是由下載超時引起的。 有問題的存儲庫非常大（它包含數據集和代碼）。 install_github 有一個默認的 60 秒超時。 增加它使其工作：

options(timeout=9999999)
install_github("NathanSkene/MAGMA_Celltyping")