devtools::install_github 在 R4.0.03 中失败

Question

我最近升级到 R4.0.3 并且 devtools::install_github 似乎不再工作。 例如。

> install_github('MacoskoLab/liger')
Using github PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo MacoskoLab/liger@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  download from 'https://api.github.com/repos/MacoskoLab/liger/tarball/HEAD' failed

或者

install_github("NathanSkene/MAGMA_Celltyping")
Using github PAT from envvar GITHUB_PAT
Downloading GitHub repo NathanSkene/MAGMA_Celltyping@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  download from 'https://api.github.com/repos/NathanSkene/MAGMA_Celltyping/tarball/HEAD' failed

我不完全清楚它是 devtools，还是 utils::download.file 或 R 本身在这里已经失控了。 欢迎任何建议！

Answer 1

原来这个问题是由下载超时引起的。 有问题的存储库非常大（它包含数据集和代码）。 install_github 有一个默认的 60 秒超时。 增加它使其工作：

options(timeout=9999999)
install_github("NathanSkene/MAGMA_Celltyping")