我正在尝试在 devtools package 中使用 install_github 但失败了

Question

我从 2015 年初开始在 macbook pro 上使用 Sierra MacOS 10.12.6 并运行 rstudio 1.2.5033 和 R 4.0.3。谁能告诉我如何解决这个问题？

首先，我收到以下错误：

使用来自 envvar GITHUB_PAT 的 github PAT 错误：无法从 GitHub 安装“未知包”：HTTP 错误凭证 401。

然后我通过 Sys.unsetenv("GITHUB_PAT") 取消设置这个 PAT

但是，现在我得到另一个错误，如下例所示，并且在安装任何 github package 时会发生这种情况，几乎相同，甚至是下面的“第 34 行”。 dyld 符号绑定和符号未找到错误总是发生，我也总是在文件（con，“r”）中得到相同的警告。 这个 dyld 错误似乎与我的操作系统小于 10.13 的事实有关

我想这可能会回答这个问题，但实际上我需要更新操作系统吗？

Downloading GitHub repo jeremyrcoyle/gentmle2@HEAD ✓ checking for file '/private/var/folders/vf/l0sx2pbj71jdsknd5dq5p2c00000gp/T/Rtmp1Z3KtE/remotes3db121f76e4/jeremyrcoyle-gentmle2-20d253b/DESCRIPTION'... ─ preparing 'gentmle2': ✓ checking DESCRIPTION元信息...文件中的警告（con，“r”）：无法打开文件'/var/db/timezone/zoneinfo/+VERSION'：没有这样的文件或目录─检查源代码中的LF行结尾并制作文件和 shell 脚本 ─ 检查空目录或不需要的目录 ─ 构建“gentmle2_0.1.0.9000.tar.gz”

dyld：惰性符号绑定失败：未找到符号：_utimensat 引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libR.dylib（为 Mac OS X 10.13 构建）预期在：/usr /lib/libSystem.B.dylib

dyld：未找到符号：_utimensat 引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libR.dylib（为 Mac OS X 10.13 构建）预期在：/usr/lib/libSystem。 B.dylib

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/INSTALL：第 34 行：2818 完成 echo 'tools:::.install_packages()' 2819 中止陷阱：6 | R_DEFAULT_PACKAGES= LC_COLLATE=C "${R_HOME}/bin/R" $myArgs --no-echo --args ${args} 错误：无法从 GitHub 安装“gentmle2”：（从警告转换）安装 ZEFE90A8E604A7C840E8DZ'/A var/folders/vf/l0sx2pbj71jdsknd5dq5p2c00000gp/T//Rtmp1Z3KtE/file3db4fb67c07/gentmle2_0.1.0.9000.tar.gz' 具有非零退出状态

Answer 1

根据 R 下载页面，R 版本 4.xx 需要 macOS 10.13 或更高版本。 您的两个选择是更新您的操作系统或下载并安装旧版本的 R 例如 R-3.6.3.nn.pkg ( https://cran.r-project.org/bin/macosx/ )