嘗試計算相關矩陣時如何解釋此錯誤的含義？

Question

我一直在嘗試制作我認為應該是一個簡單的相關矩陣。 我有以下數據：

cormetric2 <- structure(list(rich = c(24.03017241, 22.3), spatial = c(20.16163793,  18.71), abund = c(13.69612069, 12.71),
               rare = c(12.14439655,  11.27), div = c(8.265086207, 7.67), nature = c(8.006465517, 7.43 ),
               other = c(7.747844828, 7.19), endem = c(3.362068966, 3.12), agm = c(2.068965517, 1.92),
               umbsp = c(0.517241379, 0.48)), class = "data.frame", row.names = c("GlobalOld",  "GlobalNew"))

我使用了以下代碼：

corrplot(cormetric2, type = "upper", order = "hclust", 
         tl.col = "black", tl.srt = 45)

corrplot(cormetric2, type="upper")

兩者都返回以下錯誤消息：

if (any(corr < cl.lim[1]) || any(corr > cl.lim[2])) {: 需要 TRUE/FALSE 的缺失值

這個錯誤信息是什么意思？ 我的數據集中沒有任何零，如下所示：

head(cormetric2)
          rich  spatial    abund    rare      div   nature    other    endem      agm     umbsp
GlobalOld: 24.03017 20.16164 13.69612 12.1444 8.265086 8.006466 7.747845 3.362069 2.068966 0.5172414
GlobalNew: 22.30000 18.71000 12.71000 11.2700 7.670000 7.430000 7.190000 3.120000 1.920000 0.4800000

如何創建關聯 plot？

Answer 1

默認情況下， corrplot檢查corr object 作為相關矩陣。 根據輸入，它不是相關矩陣，甚至不是矩陣。 它是一個data.frame 。 我們可以使用as.matrix轉換為matrix ，並根據?corrplot的文檔指定is.corr = FALSE

corr - 要可視化的相關矩陣，如果 order 不是“原始”，則必須是正方形。 對於一般矩陣，請使用 is.corr = FALSE 進行轉換。

library(corrplot)
corrplot(as.matrix(cormetric2), is.corr = FALSE, type = "upper")

-輸出

數據

cormetric2 <- structure(list(rich = c(24.03017241, 22.3),
 spatial = c(20.16163793, 
18.71), abund = c(13.69612069, 12.71), rare = c(12.14439655, 
11.27), div = c(8.265086207, 7.67), nature = c(8.006465517, 7.43
), other = c(7.747844828, 7.19), endem = c(3.362068966, 3.12), 
    agm = c(2.068965517, 1.92), umbsp = c(0.517241379, 0.48)), 
    class = "data.frame", row.names = c("GlobalOld", 
"GlobalNew"))