[英]Plot simplices in 3D in R
我有一個點列表和一個單純形列表。 我想 plot 3D 中的單純形給定它們的頂點。 本質上,我正在尋找 3D 中的 segment() 等價物。
例子
Pts<-matrix(c(0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,1),ncol =3,byrow=TRUE)
Simplex<-c(1,2,3,4)
因此,我正在尋找一種輸入 Pts 和 Simplex 並獲得四面體的 plot 的方法。
我試過搜索,但到目前為止,唯一的可能性似乎是寫出線性空間和 plot 的函數。 任何提示將不勝感激。
使用“rgl” package:
library(rgl)
vertices <- rbind(
c(0, 0, 0),
c(1, 0, 0),
c(0, 1, 0),
c(0, 0, 1)
)
faces <- combn(4,3)
for(f in 1:4){
triangles3d(rbind(
vertices[faces[1,f],],
vertices[faces[2,f],],
vertices[faces[3,f],]
), color="red", alpha=0.4)
}
您可以添加邊和頂點:
# add edges as thin cylinders
edges <- combn(4, 2)
for(e in 1:6){
shade3d(cylinder3d(rbind(vertices[edges[1,e],],vertices[edges[2,e],]),
radius = 0.02, sides = 30), col="yellow")
}
# add vertices as small spheres
spheres3d(vertices, radius= 0.03, color = "yellow")
不那么漂亮或靈活,但這是一個基本的 R 版本,使用persp
和segments
來娛樂:
## empty perspective plot
tm <- persp(matrix(rep(0,4), nrow=2),
xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), zlim=c(-1,1),
col="#00000000", border=NA, theta=30, phi=50, xlab="x")
## project points into 3d space
tpts <- data.frame(trans3d(pmat=tm, x=Pts[,1], y=Pts[,2], z=Pts[,3]))
## draw each segment
sgs <- combn(seq_len(nrow(tpts)), 2,
FUN=function(r) unlist(tpts[r,]), simplify=FALSE)
lapply(sgs, function(x) segments(x[1], x[3], x[2], x[4], col="red"))
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