如何在 python 中替換 DICOM 中的圖像？

Question

我需要編輯保存為 dicom 的醫學圖像。 我的目標是編輯，做閾值並將新圖像保存為黑白。

ds = pydicom.dcmread(filename)
png = Image.fromarray(ds.pixel_array)

我可以通過 ImageMagic 編輯並保存圖像。 接下來，我必須將包含圖像的 ds.PixelData 替換為字節。 這就是我這樣做的原因：

imgAsBytes = png.tobytes()
ds.PixelData = imgAsBytes
plt.imshow(ds.pixel_array , cmap=plt.cm.bone)

在這里我收到一個錯誤：

數據集中像素數據的長度（237568 字節）與預期長度（475136 字節）不匹配。 數據集可能已損壞或像素數據處理程序可能存在問題。

所以我補充說：

imgAsByte+= img.tobytes()

結果是：

.dcm 中的圖像被復制了四次，不是黑白的。 為什么我保存為 dicom 的圖像與 from.png 不同？ 我試圖解決這個問題的方法：

• 使用 cv2
• 從字節文件中打開 PIL 圖像
• 更改 img.tobytes() 中的參數

關於.dcm中原始圖像的信息：

• len(ds.PixelData) = 475136
• len(ds.pixel_array[0]) = 464
• len(ds.pixel_array) = 512

在另存為.dcm 之前，有關.png 中的圖像的信息：

• img.size = (464, 512)
• img.mode = L
• len(imgAsByte) * 2 = 475136 # 乘以 2 后，我的長度與原始圖像相同

Answer 1

大多數灰度 DICOM 圖像（如 MR 和 CT 圖像）每個像素使用 2 個字節（這可以在BitsAllocated標記中看到，通常為 16）。 您的圖像操作似乎為這些圖像創建了每個像素 1 個字節 - 因此您必須調整各自的 DICOM 標簽，至少BitsAllocated和BitsStored ，在這種情況下，它們都必須設置為 8：

ds.BitsAllocated = 8
ds.BitsStored = 8

您可能還需要調整其他標簽，具體取決於您的數據和用例。 如果您有壓縮圖像（在您的示例中似乎不是這種情況），您必須自己壓縮數據（這很容易出錯，所以我不會這樣做），或者更改 DICOM 圖像中的編碼。

如果您想將數據存儲回 PACS，您必須采取更多措施來避免寫入非法 DICOM，例如生成新的 SOP Instance UID，可能將 SOP Class 更改為 Secondary Capture，更改 Image Type 和其他一些標簽 -這是在 SO 的其他問題中處理的，所以我不會在這里 go 進入它。