基因表達和蛋白質表達之間具有Spearman相關系數的熱圖

Question

我有興趣使用 Spearman 相關系數分析來關聯 2 個變量，如基因表達（基因符號和倍數變化）和蛋白質表達（基因符號和倍數變化），如圖 A 所示（Int. J. Mol. Sci. 2018, 19 (12), 3836； https://doi.org/10.3390/ijms19123836 )。 我在網上搜索以查看相關代碼，但這些代碼給出了具有 Spearman 相關性的熱圖，具有相同的 X 和 Y 軸變量，如圖 B 所示。 Easy Guides - Wiki - STHDA。我需要一個熱圖，顯示 1 軸 (var 1) 上的基因表達數據和其他軸 (var 2) 上的蛋白質表達的變量。提前致謝：！圖片鏈接： https://community.rstudio .com/t/heatmap-with-correlation-coefficient/100543

Answer 1

這對你有用嗎？ 該示例取自對 heartmaply package 的介紹。

library(dplyr)
library(heatmaply)
library(dendextend)

x  <- mtcars %>%
  head() %>%
  as.matrix()

row_dend  <- x %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 3) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 3)) %>%
  ladderize
# rotate_DendSer(ser_weight = dist(x))
col_dend  <- x %>% 
  t %>% 
  dist %>% 
  hclust %>% 
  as.dendrogram %>%
  set("branches_k_color", k = 2) %>% 
  set("branches_lwd", c(1, 2)) %>%
  ladderize
#    rotate_DendSer(ser_weight = dist(t(x)))

heatmaply(
  percentize(x),
  Rowv = row_dend,
  Colv = col_dend
)