如何將 3D nii gz 圖像陣列重塑為 2D？

Question

我有很多 nii.gz 圖像需要從 3D 重塑為 2D，我正在嘗試使用以下代碼，但由於 nii.gz 擴展，它無法正常工作：

import nibabel as nib
img = nib.load('teste01converted.nii.gz')
img.shape
newimg = img.reshape(332,360*360)

誰能幫我？

這是我正在使用的圖像類型的示例：https://drive.google.com/drive/folders/1681T99hp6qZRUgx1Ej_h1hwFv1g_LJo4?usp=sharing

Answer 1

根據 NiBabel Getting Started guide，您可以將 NiBabel object 轉換為 numpy 數組，然后您可以使用 reshape：

無需將任何主圖像數據加載到 memory 即可獲得此信息。 當然也可以作為 NumPy 數組訪問圖像數據

>>> data = img.get_fdata() >>> data.shape (128, 96, 24, 2) >>> type(data) <... 'numpy.ndarray'>

所以你可以像這樣調整你的代碼：

import nibabel as nib
img = nib.load('teste01converted.nii.gz')
newimg = img.get_fdata().reshape(332,360*360)

當我這樣做時，我得到一個具有這種形狀的 numpy 數組：

(332, 129600)

順便說一句，我對神經影像學一無所知，所以我不知道你要求的轉換是否有意義。