pandas DataFrame 邊緣列表到網絡X 圖 object

Question

我正在嘗試從 DataFrame formatted_unique_edges創建一個無向圖 - 'weight'列將純粹用於使用plotly在下游可視化中進行邊緣着色：

    source      target      weight
0   protein_2   protein_3   3
1   protein_2   protein_6   2
2   protein_3   protein_6   2
3   protein_2   protein_4   2
4   protein_2   protein_5   2
5   protein_3   protein_4   2
6   protein_3   protein_5   2
7   protein_4   protein_5   2
8   protein_4   protein_6   1
9   protein_5   protein_6   1

我試圖模擬的鏈接 plotly 示例中的第一行是：

G = nx.random_geometric_graph(200, 0.125)
edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

我首先將formatted_unique_edges轉換為 Graph，然后嘗試使用一些診斷打印語句來模擬上面的代碼：

G = nx.from_pandas_edgelist(formatted_unique_edges, 
                            edge_attr=True) 
#also tried G = nx.random_geometric_graph(200, 0.125) as per plotly example

edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    print(edge) #('proteinN', 'proteinM')
    print(G.nodes[edge[0]]) #{}
    print(G.nodes[edge[1]]) #{}
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    #####
    #THROWS KeyError: 'pos' if G is from formatted_unique_edges
    #####
    #prints {'pos': [float, float]} if G is from nx.random_geometric_graph
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

如評論中所述，我從G.nodes[edge[0]]['pos']得到一個KeyError 。 我查看了 spyder 變量資源管理器，來自G.nodes._nodes的nx.random_geometric_graph具有以下格式：

{0   : {'pos' : [pos_float, pos_float]}, 
 1   : {'pos' : [pos_float, pos_float]},
 ...
 199 : {'pos' : [pos_float, pos_float]}
}

而來自formatted_unique_edges的G.nodes._nodes具有以下格式：

{'protein_2' : {},
 'protein_3' : {},
 'protein_4' : {},
 'protein_5' : {},
 'protein_6' : {}}

這一切都表明我正在使用 nx.from_pandas_edgelist 錯誤地從formatted_unique_edges制作我的Graph nx.from_pandas_edgelist - 有人可以建議我應該怎么做嗎？

謝謝！ 蒂姆

Answer 1

您錯過了為圖表生成布局。 random_geometric_graph生成一個圖，但不僅如此。 它還調用布局來生成坐標（pos）。

# Convert your dataframe to graph
G = nx.from_pandas_edgelist(formatted_unique_edges, edge_attr=True)

# Generate the layout and set the 'pos' attribute
pos = nx.drawing.layout.spring_layout(G)
nx.set_node_attributes(G, pos, 'pos')

edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

Output：

>>> G.nodes._nodes
{'protein_2': {'pos': array([0.5830424, 0.0301945])},
 'protein_3': {'pos': array([-0.42158911,  0.33654032])},
 'protein_6': {'pos': array([0.30069049, 1.        ])},
 'protein_4': {'pos': array([-0.71990583, -0.51877307])},
 'protein_5': {'pos': array([ 0.25776204, -0.84796174])}}