如何使用任何工具可視化 HeteroData pytorch 幾何圖形？

Question

您好，什么是可視化 pyg HeteroData object 的好方法？ （定義類似： https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/heterogeneous.html#creating-heterogeneous-gnns ）

我試過 with.networkx 但我認為它僅限於同構圖（可以轉換它但信息量少得多）。

g = torch_geometric.utils.to_networkx(data.to_homogeneous(), to_undirected=False )

有沒有人嘗試用其他 python lib（matplotlib）或 js（sigma.js/d3.js）來做？

您可以共享任何文檔鏈接嗎？

Answer 1

我做了以下事情：

import networkx as nx
from matplotlib import pyplot as plt
from torch_geometric.nn import to_hetero

g = torch_geometric.utils.to_networkx(data.to_homogeneous())
# Networkx seems to create extra nodes from our heterogeneous graph, so I remove them
isolated_nodes = [node for node in g.nodes() if g.out_degree(node) == 0]
[g.remove_node(i_n) for i_n in isolated_nodes]
# Plot the graph
nx.draw(g, with_labels=True)
plt.show()

然而，它確實被“扁平化”為同質的，而更有趣的是，例如，對不同類型的節點使用不同的 colors。