如何使用任何工具可视化 HeteroData pytorch 几何图形？

Question

您好，什么是可视化 pyg HeteroData object 的好方法？ （定义类似： https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/notes/heterogeneous.html#creating-heterogeneous-gnns ）

我试过 with.networkx 但我认为它仅限于同构图（可以转换它但信息量少得多）。

g = torch_geometric.utils.to_networkx(data.to_homogeneous(), to_undirected=False )

有没有人尝试用其他 python lib（matplotlib）或 js（sigma.js/d3.js）来做？

您可以共享任何文档链接吗？

Answer 1

我做了以下事情：

import networkx as nx
from matplotlib import pyplot as plt
from torch_geometric.nn import to_hetero

g = torch_geometric.utils.to_networkx(data.to_homogeneous())
# Networkx seems to create extra nodes from our heterogeneous graph, so I remove them
isolated_nodes = [node for node in g.nodes() if g.out_degree(node) == 0]
[g.remove_node(i_n) for i_n in isolated_nodes]
# Plot the graph
nx.draw(g, with_labels=True)
plt.show()

然而，它确实被“扁平化”为同质的，而更有趣的是，例如，对不同类型的节点使用不同的 colors。