如何讀取/打印 Python 中 netCDF 文件的 header（前 100 行）？

Question

我一直在嘗試閱讀 Python 中 netCDF 文件的 header（前 100 行），但遇到了一些問題。 I am familiar with the read_nc function available in the synoptReg package for R and with the ncread function that comes with MATLAB, as well as the read_csv function available in the pandas library. 然而，據我所知，netCDF (.nc) 文件沒有任何類似之處。

注意到這一點，並使用這個問題的答案，我嘗試了以下方法（沒有成功）：

with open(filepath,'r') as f:
    for i in range(100):
        line = next(f).strip()
        print(line)

但是，我收到此錯誤，即使我已確保制表符未與空格混合並且for語句位於with塊內（ 如該問題的最佳答案所給出的解釋）：

'utf-8' codec can't decode byte 0xbb in position 411: invalid start byte

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我還嘗試了以下方法：

with open(filepath,'r') as f:
    for i in range(100):
        line = [next(f) for i in range(100)]
print(line)

和

from itertools import islice
with open('/Users/toshiro/Desktop/Projects/CCAR/Data/EDGAR/v6.0_CO2_excl_short-cycle_org_C_2010_TOTALS.0.1x0.1.nc','r') as f:
    for i in range(100):
        line = list(islice(f, 100))
print(line)

但收到與上述相同的錯誤。 有什么解決方法嗎？

Answer 1

你不能。 netCDF 是二進制文件，不能解釋為文本。

如果文件是netCDF3編碼的，您可以使用scipy.io.netcdf_file讀取它們。 但它們更有可能是netCDF4 ，在這種情況下，您將需要netCDF4 package。

除此之外，我強烈推薦使用xarray package 來讀取和處理 netCDF 數據。 它支持帶標簽的 N 維數組接口——想想 pandas 數組的每個維度上的 numpy 索引。

無論您是使用 netCDF 還是 xarray 的 go，netCDF 都是自描述的並支持任意讀取，因此您無需加載整個文件即可查看元數據。 類似於查看文本文件的頭部，您可以簡單地執行以下操作：

import xarray as xr
ds = xr.open_dataset("path/to/myfile.nc")
print(ds)  # this will give you a preview of your data

此外，xarray 確實有一個xr.Dataset.head function ，它將沿每個維度顯示前 5 個（如果您提供 int，則為 N 個）元素：

ds.head()  # display a 5x5x...x5 preview of your data

有關詳細信息，請參閱閱讀和編寫 netCDF 文件的入門指南和用戶指南部分。