如何读取/打印 Python 中 netCDF 文件的 header（前 100 行）？

Question

我一直在尝试阅读 Python 中 netCDF 文件的 header（前 100 行），但遇到了一些问题。 I am familiar with the read_nc function available in the synoptReg package for R and with the ncread function that comes with MATLAB, as well as the read_csv function available in the pandas library. 然而，据我所知，netCDF (.nc) 文件没有任何类似之处。

注意到这一点，并使用这个问题的答案，我尝试了以下方法（没有成功）：

with open(filepath,'r') as f:
    for i in range(100):
        line = next(f).strip()
        print(line)

但是，我收到此错误，即使我已确保制表符未与空格混合并且for语句位于with块内（ 如该问题的最佳答案所给出的解释）：

'utf-8' codec can't decode byte 0xbb in position 411: invalid start byte

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我还尝试了以下方法：

with open(filepath,'r') as f:
    for i in range(100):
        line = [next(f) for i in range(100)]
print(line)

和

from itertools import islice
with open('/Users/toshiro/Desktop/Projects/CCAR/Data/EDGAR/v6.0_CO2_excl_short-cycle_org_C_2010_TOTALS.0.1x0.1.nc','r') as f:
    for i in range(100):
        line = list(islice(f, 100))
print(line)

但收到与上述相同的错误。 有什么解决方法吗？

Answer 1

你不能。 netCDF 是二进制文件，不能解释为文本。

如果文件是netCDF3编码的，您可以使用scipy.io.netcdf_file读取它们。 但它们更有可能是netCDF4 ，在这种情况下，您将需要netCDF4 package。

除此之外，我强烈推荐使用xarray package 来读取和处理 netCDF 数据。 它支持带标签的 N 维数组接口——想想 pandas 数组的每个维度上的 numpy 索引。

无论您是使用 netCDF 还是 xarray 的 go，netCDF 都是自描述的并支持任意读取，因此您无需加载整个文件即可查看元数据。 类似于查看文本文件的头部，您可以简单地执行以下操作：

import xarray as xr
ds = xr.open_dataset("path/to/myfile.nc")
print(ds)  # this will give you a preview of your data

此外，xarray 确实有一个xr.Dataset.head function ，它将沿每个维度显示前 5 个（如果您提供 int，则为 N 个）元素：

ds.head()  # display a 5x5x...x5 preview of your data

有关详细信息，请参阅阅读和编写 netCDF 文件的入门指南和用户指南部分。