在python中读取NetCDF文件

Question

我正在尝试从IRI / LDEO气候数据库（dust_pm25_sconc10_mon）读取NetCDF文件，但我有一个问题是要读取此文件。 当我选择压缩数据库的变量（经度（X），纬度（Y）和时间（T））时，X和Y的输出是一个具有观察数量的序列（1,2，...，139）例如）。 也就是说，经度和纬度的值不会被正确导出。

有人可以帮我解决这个问题吗？ 我已经尝试用R，Python和Qgis读取这个文件，并且在所有这三个中，X和Y的输出是相同的。

我的代码在下面（Python）。

非常感谢你们。

from netCDF4 import Dataset as dt

filestr = 'dust_pm25_sconc10_mon.nc'

ncfile = dt(filestr, 'r')

print(ncfile.variables)

lat = ncfile.variables['Y'][:]
lat

lon = ncfile.variables['X'][:]
lon

time = ncfile.variables['T'][:]
time

Answer 1

编辑：

该文件有三个独立的变量，X，Y和T.并且X和Y的值分别有意地从1到len（X）和len（Y）。

查看该文件的描述： http ： //iridl.ldeo.columbia.edu/home/.nasa_roses_a19/.Dust_model/.dust_mon_avg/.dust_pm25_sconc10_mon/

独立变量（网格）
时间
网格：/ T（自1960-01-01以来的几个月）订购（1979年3月）至（2010年3月）1.0 N = 373分：网格
经度
grid：/ X（无单位）有序（1.0）到（191.0）1.0 N = 191 pts：grid
纬度
grid：/ Y（无单位）有序（1.0）到（139.0）1.0 N = 139 pts：grid

当然，这对于经度来说可能是有意义的，但对于纬度而言，这是无稽之谈。 不幸的是，我没有发现这个数据集应该描述的这个星球上哪个区域的暗示。

但是，我也没有找到任何数据，它只是因变量dust_pm25_sconc10_mon - 它是空的。

PS：举个例子：
此数据集http://iridl.ldeo.columbia.edu/home/.nasa_roses_a19/.Dust_model/.RegDustModelProjected/.dust_pm25_sconc10/datafiles.html
看起来更合理......

仅仅描述更有希望：

独立变量（网格）
时间 （时间）
网格：/ T（2009-01-02 00:00以后的天数）订购（2010年4月1日0130-0430）（2010年4月1日2230 - 0130 2010年4月2日）0.125 N = 3640点：网格
经度
grid：/ X（degree_east）有序（19.6875W）到（54.6875E）by 0.625 N = 120 pts：grid
纬度
grid：/ Y（degree_north）有序（0.3125N）到（39.6875N）0.625 N = 64 pts：grid

其因变量dust_pm25_sconc10也不为空。

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我真的试图在你提到的网站上找到这个文件，但这是徒劳的。 所以不知道，我不得不猜测：

netcdf文件提供了通过缩放和移动任何变量的值来保存数据空间的可能性，以便它们可以存储，例如int而不是float 。
如果属性add_offset不是0而scale_factor不是1，你可以简单地检查一下。

有关此概念的更多信息，请参阅https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/workshops/2010/bestpractices/Packing.html 。

虽然上面链接中的信息表明netcdf的java接口会自动应用这些属性，但netcdf4-python库却没有。 因此，如果您希望继续使用此程序包，则必须按照所述将数据重新缩放和偏移回原始值。

但是，您也可以考虑尝试xarray ，这是一个实现netcdf文件的n维数据结构的库，并且就我所经历的情况而言，该库根据上述规则进行自动缩放和偏移。
http://xarray.pydata.org/en/stable/

Answer 2

您在SpghttCd的回复评论中链接的http://iridl.ldeo.columbia.edu/home/.nasa_roses_a19/.Dust_model/.dust_mon_avg/.dust_pm25_sconc10_mon/datafiles.html中的示例文件格式不正确。 首先，X和Y数组没有适合此类维度的单位属性，而是都具有值“单位”。 并且如前所述，数组中的值无论如何都“看起来”无效。 此外，该文件中dust_pm25_sconc10_mon数组中的值都显示为NaN。

另一方面，SpghttCd引用的http://iridl.ldeo.columbia.edu/home/.nasa_roses_a19/.Dust_model/.RegDustModelProjected/.dust_pm25_sconc10/datafiles.html中的示例数据集具有良好的单位属性信息（“degrees_east”和“degrees_north”，分别）。 此外，X和Y数组中的实际值看起来很好。 我在该数据集中使用dust_pm25_sconc10变量绘图（使用Panoply）并查看映射到适当区域的数据没有问题。

SpghttCd关于缩放和偏移的评论在这里不适用，因为第二个好文件中的经度和纬度具有实际的lon和lat值。