用配方獲取 plsda 中解釋的方差比例

Question

我嘗試使用tidymodels框架計算 PLSDA 中每個組件解釋的方差比例。

這是mixOmics package 的“黃金標准”結果：

library(mixOmics)

mix_plsda <- plsda(X = iris[-5], Y = iris$Species, ncomp = 4)

mix_var_expl <- mix_plsda$prop_expl_var$X
mix_var_expl
#>       comp1       comp2       comp3       comp4 
#> 0.729028323 0.227891235 0.037817718 0.005262724
sum(mix_var_expl) # check
#> [1] 1

這里有recipes::step_pls() ：

library(recipes)
tidy_plsda <-
  recipe(Species ~ ., data = iris) %>% 
  step_pls(all_numeric_predictors(), outcome = "Species", num_comp = 4) %>% 
  prep()

tidy_sd <- tidy_plsda$steps[[1]]$res$sd
tidy_sd
#> [1] 0.8280661 0.4358663 1.7652982 0.7622377
tidy_sd ^2 / sum(tidy_sd^2)
#> [1] 0.14994532 0.04154411 0.68145793 0.12705264

與解釋方差最相似的元素是sd ，但正如您所見，這兩個向量之間沒有明顯的關系。

如何從tidy_plsda mix_var_expl 謝謝！

^{由代表 package (v2.0.1) 於 2022 年 9 月 20 日創建}

Answer 1

配方 object 不保存 mixOmics model； 只是我們處理新數據所需的部分。 sd object 是預測變量的標准差。 目前沒有從 object 獲得您想要的東西的方法。

我添加了一個 GitHub 問題以向結果添加更多對象： https://github.com/tidymodels/recipes/issues/1038