glmmTMB_phylo：Matrix::rankMatrix(TMBStruc$data.tmb[[whichX]]) 錯誤：長度(d <- dim(x)) == 2 不正確

Question

我正在嘗試運行以下 model：

mod1<- phylo_glmmTMB(response ~ sv1 + # sampling variables
sv2 + sv3 + sv4 + sv5 + 
sv6 + sv7 +  
(1|phylo) + (1|referecen_id), #random effects
ziformula = ~ 0,
ar1(pos + 0| phylo) # spatial autocorrelation structure
phyloZ = supertreenew,
phylonm = "phylo",
family = "binomial",
data = data)
              

但我不斷收到錯誤：

Error in Matrix::rankMatrix(TMBStruc$data.tmb[[whichX]]) : 
length(d <- dim(x)) == 2 is not TRUE

我發現的其他可重現示例 ( data ) 也會出現此錯誤。

在我運行 model 之前，我剛剛加載了我的數據（ data和supertree ）並從supertree計算了一個 Z 矩陣：

#Compute Z matrix
#supertreenew <- vcv.phylo(supertreenew) 
#or
supertreenew <- phylo.to.Z(supertreenew)
#enforced match between
supertreenew <- supertreenew[levels(factor(data$phylo)), ]

我已經通過以下方式安裝了開發版本：

remotes::install_github("wzmli/phyloglmm/pkg") 

但沒有成功。

我的超級樹的supertree是：

[[1]]...[351]
[[2]]...[645]

任何猜測？

非常感謝，

我的 session 信息：

R 版本 4.2.2 (2022-10-31 ucrt) 平台：x86_64-w64-mingw32/x64（64 位） 運行於：Windows 10 x64（build 22621） Matrix 產品：默認附加基礎包：[1] stats graphics grDevices 實用程序數據集方法基礎
其他附加包：[1] phyloglmm_0.1.0.9001 brms_2.18.0 cpp_1.0.9 performance_0.10。 DHARMa_0.4.6
[6] phytools_1.2-0 maps_3.4.0 ape_5.6-2 lme4_1.1-31 Matrix_1.5-1
[11] TMB_1.9.1 glmmTMB_1.1.5.9000 remotes_2.4.2

Answer 1

這是在最新版本的glmmTMB中添加固定效應矩陣等級檢查的結果。 現在，添加

control = glmmTMBControl(rank_check = "skip")

到你的phylo_glmmTMB電話應該解決這個問題。