glmmTMB_phylo：Matrix::rankMatrix(TMBStruc$data.tmb[[whichX]]) 錯誤：長度(d <- dim(x)) == 2 不正確
[英]glmmTMB_phylo: Error in Matrix::rankMatrix(TMBStruc$data.tmb[[whichX]]) : length(d <- dim(x)) == 2 is not TRUE
我正在嘗試運行以下 model： 但我不斷收到錯誤： 我發現的其他可重現示例 ( data ) 也會出現此錯誤。 在我運行 model 之前，我剛剛加載了我的數據（ data和supertree ）並從supertree計算了一個 Z 矩陣： 我已經通過以下方式安裝了開發版本： 但沒有成功。 我的超 ...
為什么在使用“glmmTMB”函數調整 glmm 時出現以下錯誤，並且我嘗試獲取置信區間？
[英]Why am getting the following error when adjusting a glmm with the "glmmTMB" function and I try to obtain the confidence intervals?
我正在嘗試運行以下模型： 但是當我嘗試獲取置信區間時出現此錯誤： 有誰知道這個問題可能是什么？ ...
安裝 glmmTMB 的問題
[英]Issues installing glmmTMB
我正在嘗試使用 package glmmTMB。 當我稱它為 library(glmmTMB) 時，這是錯誤消息： ">library(glmmTMB) Error: package or namespace load failed for 'glmmTMB' in inDL(x, as.l ...
如何進行矩陣*向量乘法並將此結果傳遞給 R 中的 TMB 中的向量？
[英]How to do a matrix * vector multiplication and pass this result to a vector in TMB in R?
我需要做一個矩陣*向量乘法，它只生成一個數字，並將它傳遞給一個向量（但它在下面的注釋代碼中不起作用）。 到目前為止，我所擁有的是： cpp代碼 R代碼 有什么幫助嗎？ 我已經將此問題發布到TMB 用戶組。 如果解決方案首先出現在那里，我會在這里發布。 ...
MakeADFun 中的錯誤（... 'data' 必須是調用 `TMB::sdreport()` 后的列表？
[英]Error in MakeADFun(… 'data' must be a list after calling `TMB::sdreport()`?
在我調用sdreport function 后，我收到一個意外錯誤： Error in MakeADFun(obj$env$data, obj$env$parameters, type = "ADFun", ADreport = TRUE, : 'data' must be a list這是奇怪的 ...
glmmTMB 與 beta 系列
[英]glmmTMB with beta family
我正在嘗試對取值從 0 到 0.7 的光合響應 (fvfm) 進行建模，我使用 beta 分布，因為我的通貨膨脹為零，並且我考慮了色散模型，因為我的值會隨着時間的推移而偏離平均值，但是在運行這個模型時： 這出現： 我將響應變量的所有值都加上 0.001，所以我不再有零通脹並且模型有效。 這是 ...
如何在路線中建立連接
[英]How to establish Connection in Routes
我想在兩個tibco EMS服務器之間創建路由。 但是我沒有得到連接ID。 它顯示狀態=未連接。 我做了以下更改： 任何人都可以幫助我了解..我所缺少的... ...
適用於TMB的C ++，但不適用於Knitr中的Rcpp
[英]C++ for TMB but not Rcpp in knitr
我正在使用包含C ++代碼的knitr編寫文檔。 該代碼將與R軟件包TMB一起使用。 我正在使用.Rnw文件。 我的主要問題是我不知道為代碼塊引擎指定什么。 我已經閱讀了有關非R語言的knitr中設置的一些問題，但我的理解是knitr僅支持Rcpp，而不支持簡單的C ++代碼。 另 ...
R包和CRAN檢查中的TMB c ++代碼
[英]TMB c++ code in R package and CRAN checks
我正在研究一個R包，包括在TMB中創建的c ++模板。 使用此建議中分享的有用指南，我設法走了很長的路。 目前，我正在使用2個c ++模板（“kglmer.cpp”和“nglmer.cpp”）和以下Makefile.win（以及等效的Makefile）來創建dll： 但是，當運行 ...
ubuntu 18.04，R 3.5.0，庫TMB，執行期間的安裝警告和致命錯誤
[英]ubuntu 18.04, R 3.5.0 , library TMB , installation warnings and fatal error during execution
全新安裝的ubuntu 18.04。 ->好 從此倉庫安裝的R 3.5.0： 通過以下方式添加安全的apt密鑰： R已正確安裝，甚至可以從rstudio啟動。 嘗試使用以下命令從R控制台或終端R在超級用戶模式下安裝TMB庫，安裝命令（在嘗試第二種方法之前，請先嘗試 ...
在 R 包中包含 TMB c++ 代碼的指南
[英]Guidelines for including TMB c++ code in an R package
我最近發現了 TMB 的神奇之處，我正在開發一個包，它理想地包含 TMB c++ 模板，用於計算成本相當高的模型。 我假設有以下可能性： 在安裝包時自動編譯 TMB 源代碼 但我在 TMB 文檔中找不到任何關於此的明確指南。 到目前為止，我的替代方法是編寫在第一次調用使用未編譯類的函數時編 ...
如何查看和復制R默認的Makevars配置？
[英]How do I see and replicate the R default Makevars configuration?
我沒有~/.R/Makevars文件， 但是， R必須從某處讀取配置，因為軟件包src子目錄中包含Rcpp導出的.cpp文件可以Rcpp編譯。 我有興趣知道如何在src目錄中編寫Makefile.win ，以便Rcpp文件與TMB .cpp文件一起繼續編譯。 當前一個makefi ...
在使用TMB進行優化時，這個outermgc消息是什么？
[英]What is this outermgc message while optimising with TMB?
在使用TMB生成目標函數和漸變並調用optim函數后，我在控制台中打印出一系列報告，其形式似乎為“outer mgc：”： 似乎較小的數字表示更快的收斂和更好的收斂結果。 但我不完全確定這些是什么，所以知道為了診斷算法的收斂性質會很好。 ...
如何在TMB .cpp文件中找出目標函數所需的參數和數據的名稱？
[英]How do you find out names of parameters and data required by a objective function in a TMB .cpp file?
在TMB教程中 ，一個人在.cpp文件中定義了目標函數，以便在C ++函數和R調用的函數之間共享參數名稱和模型數據結構的名稱。例如， tutorial.cpp文件： 在編譯和dyn.load之后，可以從R調用此函數，但是，您需要知道數據向量名為x ，並且有兩個參數值mu和sigma 。 ...
如何在TMB .cpp文件中包含更多目標函數？
[英]How do I include more objective functions in my TMB .cpp file?
TMB目標函數似乎是在一個功能塊中定義的，該功能塊保存到<name>.cpp文件中。 然后，在編譯文件之后，通過加載命令dyn.load(dynlib(<name>))來訪問每個目標函數。 每個.cpp文件中可以存儲多個目標函數嗎？ 例如，以下兩個目標函數彼此非 ...
TMB教程中的編譯錯誤是什么？
[英]What is this compilation error in the TMB tutorial?
我從TMB 教程頁面復制了C ++代碼 並將其保存為tutorial.cpp 。 然后，我嘗試按照說明進行編譯，並得到： 此外，在RStudio編輯器窗口中，我可以在Type objective_function<...行旁邊看到一個十字，並且將鼠標懸停在錯誤上方： ...
將G ++編譯錯誤消息從TMB庫導出到文本文件
[英]Exporting g++ compilation error messages from TMB library to a text file
我正在嘗試使用R中的gcc（c ++）編譯模型（使用TMB包）。 錯誤是如此之多，以至於在Rstudio中，我甚至無法向上滾動以查看它們的開頭。 因此，我想將控制台中的所有內容（消息，錯誤和警告）打印到文本文件中。 這樣我也可以比較不同的模型輸出（或者特別是它們的失敗）。 我嘗試了以 ...