R 中每一列的分組箱線圖

Question

我有一個這樣的數據集：

  Y       Gene1       Gene2       Gene3       Gene4     Gene...
TypeI   4.3621833   7.533461    3.9561242   4.457170     ...
TypeII  1.9844923   7.455194    5.4276231   5.440957     ...
TypeIII 1.7273229   8.079968    2.2273002   5.543480     ...
 ...

其中 Y 可以采用這三個值（有 150 行左右）。

現在，我正在嘗試為每個基因創建一個分組箱線圖（我會在 x 軸上有每個基因，每個基因有三個箱線圖）。

我幾乎讓它工作了，但是箱形圖出現在彼此之上，如下所示： 我試過在geom_boxplot()中使用position_dodge()和position_dodge2() ) 但都不起作用（它們實際上具有 0 效果）。

到目前為止，我已經嘗試了以下方法：

data %>% 
    pivot_longer(
        cols = -Y,
        names_to = "Genes",
        values_to = "Value"
    ) %>% 
    ggplot(
        aes(
            x = Genes,
            y = Value,
            fill = Y
        )
    ) +
    geom_boxplot() +
    labs(
        title = "test"
    )

和gather等效：

data %>%   
    gather("Genes", "Valor", -Y) %>%    
    ggplot(
        aes(
            x = Genes,
            y = Valor,
            fill = Y
        )
    ) +
    geom_boxplot() +
    labs(
        title = "test"
    ) -> plot

plot <- ggplotly(plot, width = 2000, height = 1000)
saveWidget(plot, file = "boxplots.html")

我也嘗試按照這個答案用melt來做，但無法讓它工作。

我可以對 plot 箱線圖並排做什么？

編輯：

所以經過一些測試我意識到 ggplot 的代碼工作正常。 我省略了一些代碼，因為我認為問題出在箱線圖中，但事實並非如此。

我添加了我省略的部分，但我也會把它放在這里：

data %>% 
(....) -> plot

plot <- ggplotly(plot, width = 2000, height = 1000)
saveWidget(plot, file = "boxplots.html")

所以箱形圖在 ggplot 中沒有重疊，但在 plotly 中。在 ggplotly() 修復它之后添加%>%layout(boxmode = "group") 。 (ie plot <- ggplotly(plot, width = 2000, height = 1000) %>% layout(boxmode = "group")

Answer 1

正如我在上次編輯中所說，ggplot 代碼是正確的。 問題出在這一行：`plot <- ggplotly(plot, width = 2000, height = 1000)。

在 ggplotly() 修復它之后添加%>%layout(boxmode = "group") 。 (ie plot <- ggplotly(plot, width = 2000, height = 1000) %>% layout(boxmode = "group")