從pymol中的笛卡爾坐標繪制彩色球體

Question

我在wiki中查看如何轉換以下有關珠子，笛卡爾坐標+能量的信息：

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

在pymol中繪制一個包含每個原子的半徑為R的球體，以其坐標為中心，以彩色漸變為中心。

謝謝

Answer 1

您所呈現的實際上與分子結構有什么關系（即使用PyMol的動機是什么）？

如果您正在繪制一些分子結構，我建議只輸出帶有球體坐標的自定義PDB文件（您可以使用每個ATOM行的B因子字段作為控制PyMol中每個原子着色的方法）。

如果你沒有繪制分子結構，最好使用PyMol的CGO接口。

從PyMol文檔：

CGO球體由SPHERE命令生成。

SPHERE，x，y，z，d

其中x，y，z是球心的坐標，d是球體的直徑。 請注意COLOR命令如何用於設置球體的顏色。 與LINES一樣，當要繪制的下一個球體的顏色發生變化時，您只需要一個COLOR命令。

一個簡單的例子：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)