如何從R腳本讀取命令行參數？

Question

我有一個R腳本，我想為其提供幾個命令行參數（而不是代碼本身中的硬編碼參數值）。 該腳本在Windows上運行。

我找不到有關如何將命令行中提供的參數讀入R腳本的信息。 如果無法完成，我會感到驚訝，所以也許我只是沒有在Google搜索中使用最好的關鍵字...

有任何指示或建議嗎？

Answer 1

德克的答案就是您需要的一切。 這是一個最小的可復制示例。

我制作了兩個文件： exmpl.bat和exmpl.R 。

• exmpl.bat ：

   set R_Script="C:\\Program Files\\R-3.0.2\\bin\\RScript.exe" %R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1 

  或者，使用Rterm.exe ：

   set R_TERM="C:\\Program Files\\R-3.0.2\\bin\\i386\\Rterm.exe" %R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1 

• exmpl.R ：

   options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) print(args) # trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check: # print(commandArgs(trailingOnly=FALSE)) start_date <- as.Date(args[1]) name <- args[2] n <- as.integer(args[3]) rm(args) # Some computations: x <- rnorm(n) png(paste(name,".png",sep="")) plot(start_date+(1L:n), x) dev.off() summary(x) 

將兩個文件保存在同一目錄中，然后啟動exmpl.bat 。 結果是：

• 有一些情節的example.png
• exmpl.batch已完成的所有操作

您還可以添加環境變量%R_Script% ：

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

並在批處理腳本中將其用作%R_Script% <filename.r> <arguments>

RScript和Rterm之間的Rterm ：

• Rscript語法更簡單
• Rscript自動選擇x64上的體系結構（有關詳細信息，請參見R安裝和管理中的2.6子體系結構 ）
• 如果要將命令寫入輸出文件， Rscript需要.R文件中的options(echo=TRUE)

Answer 2

幾點：

1. 命令行參數可通過commandArgs()訪問，因此請參閱help(commandArgs)以獲取概述。

2. 您可以在包括Windows在內的所有平台上使用Rscript.exe 。 它將支持commandArgs() 。 littler可以移植到Windows，但現在僅能在OS X和Linux上使用。

3. 有兩個附加的CRAN包- getopt的和optparse -這是既為命令行解析寫入。

編輯於2015年11月：出現了新的替代方法，我全力推薦docopt 。

Answer 3

將其添加到腳本頂部：

args<-commandArgs(TRUE)

然后，您可以引用以args[1] ， args[2]等形式傳遞的args[1] 。

然后跑

Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3

如果您的args是其中包含空格的字符串，請用雙引號引起來。

Answer 4

如果您希望事情變得更好，請嘗試library（getopt）...。 例如：

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

Answer 5

由於在答案中已經多次提到optparse ，並且它提供了用於命令行處理的綜合工具包，因此下面是一個簡短的示例，說明了如何使用它（假設輸入文件存在）：

腳本R：

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

給定一個23行的任意文件blah.txt 。

在命令行上：

Rscript script.R -h 輸出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript script.R -n blah.txt 輸出 [1] "69"

Rscript script.R -n -f 5 blah.txt 輸出 [1] "115"

Answer 6

你需要利特勒 （發音為“小R”）

德克將在大約15分鍾內完成;）

Answer 7

在bash中，您可以構建如下命令行：

$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$

您會看到變量$z被bash shell替換為“ 10”，並且該值被commandArgs拾取並饋入args[2] ，並且R成功執行了range命令x=1:10 ， commandArgs 。

Answer 8

僅供參考：有一個函數args（），它檢索R函數的參數，不要與名為args的參數向量相混淆

Answer 9

如果您需要指定帶有標志的選項（例如-h，-help，-number = 42等），則可以使用R包optparse（靈感來自Python）： http : //cran.r-project.org /web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf 。

至少這是我如何理解您的問題，因為我在尋找等效的bash getopt，perl Getopt或python argparse和optparse時找到了這篇文章。

Answer 10

我只是整理了一個不錯的數據結構和處理鏈來生成這種切換行為，不需要任何庫。 我確信它將被實施多次，並且偶然發現了這個線程以查找示例-認為我會參與進來。

我什至沒有特別需要標記（這里唯一的標記是調試模式，創建一個變量， if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)}) 。 下面的檢查lapply語句的標志產生與以下內容相同的結果：

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args) 

其中args是從命令行參數讀取的變量（例如，當您提供這些參數時，其字符向量等效於c('--debug','--help') ）

它可用於其他任何標志，並且避免了所有重復，並且沒有庫，因此沒有依賴項：

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

請注意，這里的flag.details的命令存儲為字符串，然后使用eval(parse(text = '...'))進行評估。 Optparse對於任何嚴肅的腳本來說顯然都是可取的，但是有時功能最少的代碼也很好。

樣本輸出：

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions