腳本如何在命令行中運行R？

Question

我有一個腳本（稱之為Main.R ），它有以下代碼在運行時找到它自己：

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files) 
main.dir <- dirname(dirname(frame_files[[length(frame_files)]]))

這用於獲取其自己的目錄main.dir上方的目錄，該目錄用於調用與此路徑相關的其他腳本。

例如，我對從命令行運行此腳本感興趣

R CMD BATCH Main.R

要么

Rscript Main.R

不幸的是，當我從命令行調用腳本時，上面的命令不起作用。

我可以在Main.R任何代碼，還是可以使用R或Rscript的調用選項代替？

更具體地說，該解決方案需要在Windows中運行。

Answer 1

下面是一個解決方案，當使用source或Rscript運行腳本時，它將為您提供正確的文件目錄路徑。

# this is wrapped in a tryCatch. The first expression works when source executes, the
# second expression works when R CMD does it.
full.fpath <- tryCatch(normalizePath(parent.frame(2)$ofile),  # works when using source
               error=function(e) # works when using R CMD
                     normalizePath(unlist(strsplit(commandArgs()[grep('^--file=', commandArgs())], '='))[2]))
dirname(full.fpath)

關鍵是normalizePath函數。 給定相對或縮寫的路徑名， normalizePath將返回有效路徑或引發錯誤。 從Rscript運行腳本時，如果為normalizePath提供當前腳本的基本文件名，它將返回完整路徑，無論您當前的目錄是什么。 當你提供R CMD的相對路徑並且當前目錄中有一個同名的腳本時，它甚至可以獲得正確的路徑！

在上面的代碼中，我從commandArgs返回的一個字符串中提取文件名。 如果你看一下commandArgs的輸出，你會看到文件名是第四個參數。 參數記錄為'--file = yourscript.R'，因此在上面的最后一行中，我將字符串拆分為'='並拉出文件名。

Answer 2

理念是將路徑作為Main.R的參數

我假設你用RScript調用它。

Rscript Main.R 'path' 

在Main.R中添加代碼以讀取參數

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
mainpath <- as.character(args[1])