在matplotlib / scipy / numpy中繪制日志數組時出錯

Question

我有兩個數組，我記錄了它們的日志。 當我這樣做並嘗試繪制其散點圖時，出現此錯誤：

  File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/pyplot.py", line 2192, in scatter
    ret = ax.scatter(x, y, s, c, marker, cmap, norm, vmin, vmax, alpha, linewidths, faceted, verts, **kwargs)
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/axes.py", line 5384, in scatter
    self.add_collection(collection)
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/axes.py", line 1391, in add_collection
    self.update_datalim(collection.get_datalim(self.transData))
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/collections.py", line 153, in get_datalim
    offsets = transOffset.transform_non_affine(offsets)
  File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/transforms.py", line 1924, in transform_non_affine
    self._a.transform(points))
 File "/Library/Python/2.6/site-packages/matplotlib-1.0.svn_r7892-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/matplotlib/transforms.py", line 1420, in transform
    return affine_transform(points, mtx)
ValueError: Invalid vertices array.

代碼很簡單：

myarray_x = log(my_array[:, 0])
myarray_y = log(my_array[:, 1])
plt.scatter(myarray_x, myarray_y)

知道是什么原因造成的嗎？ 謝謝。

Answer 1

我遇到了最近解決的相同問題：

對我來說，問題是我的X和Y（numpy）數組由128位浮點數組成。

在這種情況下，解決方案是將數組重鑄為較低精度的浮點數，即

array = numpy.float64(array)

希望這會有所幫助：〜）

Answer 2

新答案：

從源頭看，如果傳遞給affine_transform的points數組的尺寸錯誤或為空，則會引發此錯誤。 以下是相關行：

if (!vertices ||
        (PyArray_NDIM(vertices) == 2 && PyArray_DIM(vertices, 1) != 2) ||
        (PyArray_NDIM(vertices) == 1 && PyArray_DIM(vertices, 0) != 2))
         throw Py::ValueError("Invalid vertices array.");

在繼續進行之前，請看一下myarray_x和myarray_y數組的尺寸。

舊答案 ：

我最大的猜想是，您正在取值<= 0的對數。這將在數組中給出nan或-infs（在等於0的情況下），當然它無法繪制。

（wiso是正確的-這些要點將被忽略）

Answer 3

這對我來說成功運行了

>>> from numpy import log, array
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>> my_array = array([[1.0, 2.0], [3.0, 4.0], [5.0, 6.0]])
>>> my_array
array([[ 1.,  2.],
       [ 3.,  4.],
       [ 5.,  6.]])
>>> myarray_x = log(my_array[:, 0])
>>> myarray_y = log(my_array[:, 1])
>>> plt.scatter(myarray_x, myarray_y)
<matplotlib.collections.CircleCollection object at 0x030C7A10>
>>> plt.show()

所以問題可能出在您未向我們展示的內容上。 您能否提供與運行時一樣的完整示例代碼，以便我們重現您的問題？