清除rpy2使用的內存

Question

如何清除通過rpy創建的對象（以及它們占用的內存）？

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
del a    #if I do this, there is no change in the amount of memory used
r.r('rm(list=(ls(all=TRUE)))') # Same here, the objects disappear, but the memory is still used

不幸的結果是，在我的應用程序中，內存使用量增加，直到沒有足夠的然后它崩潰...來自rpy2 文檔 ：

對象本身仍然可用，並且在從Python中刪除foo之前保護其免受R的垃圾收集

但即使這樣做：

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
r.r.rm('a')
del a
r.r.gc()

沒有釋放使用的內存......

編輯：rpy2 2.0，Win XP，R 2.12.0

Answer 1

rpy文檔中有一段暗示您在刪除或覆蓋大對象時可能需要經常運行Python垃圾收集器：

R對象存在於R內存空間中，它們的大小不為Python所知，因此，當涉及大對象時，Python似乎並不總是經常進行垃圾收集。 當在循環中覆蓋大對象時，這有時會導致瞬態增加的內存使用量，雖然達到系統的內存限制似乎會觸發垃圾收集，但是人們可能希望明確地觸發收集。

我可以通過在創建矩陣后立即運行gc.collect()來強制rpy2釋放該大矩陣，並在刪除它並運行R的內部gc()函數之后再次執行。 在睡眠循環中運行它 - 使用top來觀察內存使用量的增加/減少。

在Ubuntu 10.0.4上使用Python 2.6運行，python-rpy版本2.0.8鏈接到R版本2.10.1。 希望這有助於您取得一些進展：

import gc
import time

import rpy2.robjects as R

for i in range(5):
    print 'pass %d' % i
    R.r('a = matrix(NA, 1000000, 50)')
    gc.collect()
    R.r('rm(a)')
    R.r('gc()')
    gc.collect()

    print 'sleeping..'
    time.sleep(5)