繪制R中表格中的前5個值

Question

我對R很新，所以這可能是一個簡單的問題。 我有一個數據表，其中包含如下物種的頻率計數：

  Acidobacteria              47
  Actinobacteria            497
  Apicomplexa                 7
  Aquificae                  16
  Arthropoda                 26
  Ascomycota                101
  Bacillariophyta             1
  Bacteroidetes           50279
  ...

表中約有50種。 正如您所看到的，某些值比其他值大很多。 我希望有一個堆積的條形圖，其中前5個物種的百分比和一個“其他”類別具有所有其他百分比的總和。 所以我的條形圖總共有6個類別（前5名和其他）。

我有3個額外的數據集（樣本網站），我想做同樣的事情，只在每個數據集中突出顯示第一個數據集的前5個，並將它們全部放在同一個圖表上。 最終圖表將有4個堆疊條形圖，顯示第一個數據集中的頂級物種如何在每個附加數據集中發生變化。

我手工繪制了一個樣本圖（將數據列在R之外，並在最終的百分比表中輸入），讓您了解我正在尋找的內容： http ： //dl.dropbox.com/u/1938620 /phylumSum2.jpg

我想將這些步驟放入R腳本中，以便為多個數據集創建這些圖。

謝謝！

Answer 1

假設您的數據位於data.frame DF

DF <- read.table(textConnection(
"Acidobacteria              47
Actinobacteria            497
Apicomplexa                 7
Aquificae                  16
Arthropoda                 26
Ascomycota                101
Bacillariophyta             1
Bacteroidetes           50279"), stringsAsFactors=FALSE)
names(DF) <- c("Species","Count")

然后，您可以確定哪些物種位於前5位

top5Species <- DF[rev(order(DF$Count)),"Species"][1:5]

然后可以將每個數據集轉換為這些數據集和“其他”數據集

DF$Group <- ifelse(DF$Species %in% top5Species, DF$Species, "Other")
DF$Group <- factor(DF$Group, levels=c(top5Species, "Other"))
DF.summary <- ddply(DF, .(Group), summarise, total=sum(Count))
DF.summary$prop <- DF.summary$total / sum(DF.summary$total)

使Group成為一個因子使它們在DF.summary保持相同的順序（每個第一個數據集的最大到最小）。

然后你就把它們放在一起並像你在你的例子中那樣繪制它們。

Answer 2

我們應該養成盡可能使用data.table的習慣：

library(data.table)
DT<-data.table(DF,key="Count")
DT[order(-rank(Count), Species)[6:nrow(DT)],Species:="Other"]
DT<-DT[, list(Count=sum(Count),Pcnt=sum(Count)/DT[,sum(Count)]),by="Species"]