如何安裝和管理許多版本的R包

Question

我正在用R開發一個可重復計算的框架。我正在努力解決的一個問題是一些R代碼可能在一個包的版本XY-Z中完美運行，但是為什么你試圖在3年后重現它，這個包有更新，一些功能被更改，代碼不再運行。 此問題也會影響使用包的Sweave文檔。

自信地重現結果的唯一方法是安裝原始作者使用的R版本和軟件包版本。 如果這是一個案例，可以從CRAN檔案中提取內容並安裝適當的版本。 但對於我的框架，這是不切實際的，我需要預先安裝軟件包版本。

現在假設我將自己限制為單個版本的R，例如2.14。 安裝許多版本的R軟件包的實用方法是什么，以便我可以動態加載它們？ 我想我可以為每個包的每個版本創建單獨的庫目錄，然后在加載它們時使用自定義lib.loc參數。 但這會很混亂。 任何提示或以前的嘗試做類似的事情？

我的框架在Ubuntu服務器上運行。

Answer 1

您可以使用版本安裝軟件包（例如，重命名為foo_1.0目錄而不是foo ），並將要重新創建給定R +軟件包快照的版本軟鏈接到一個庫中。 顯然，這些包實際上可以存在於一個單獨的樹中，所以你可以擁有library.projectX/foo - > library.all/foo/1.0 。

Answer 2

操作系統為您提供了更多完全分離的句柄，Debian / Ubuntu堆棧作為大量可用的句柄。 我玩過的兩個是

• chroot環境：我們使用它來完成與主機相同的構建環境。 例如，我生成的所有Debian上傳都是在我的amd64 Ubuntu服務器上托管的i386 pbuilder chroot中構建的。 Chroot是一個非常強大的Unix系統調用。 Chroots，特別是構建在它上面的pbuilder系統（用於Debian軟件包構建）意味着無頭操作。

• 虛擬機：這為您提供了充分的通用性。 我不那么強大的盒子可以輕松處理三個虛擬機：Debian i386，Ubuntu i386以及Windoze XP。 為此，我目前使用KVM和libvirt; 這是Linux特有的。 我過去也使用過VirtualBox和VMware。

Answer 3

我會嘗試修改DESCRIPTION文件，並通過添加版本號更改字段“Package”。

例如，您從CRAN頁面（http://cran.r-project.org/web/packages/pls/）下載包源a。 將壓縮文件（pls_2.3-0.zip）解壓縮到目錄（“pls /”）。 以下步驟是更改DESCRIPTION（“pls / DESCRIPTION”）中的包名稱，並使用R命令'R CMD INSTALL pls /'進行安裝，其中'pls /'是​​包含修改后的DESCRIPTION文件的包源的路徑。

使用R庫路徑對我來說似乎是一件危險的事情。