索引數據的 Matlab 3d plot

Question

我正在嘗試 plot 一個非常大的 CT 數據集的 3d 視圖。 我的數據位於 2000x2000x1000 維度的 3d 矩陣中。 object 被空氣包圍，在我的矩陣中設置為 NaN。

我希望能夠看到 object（無等值面）表面的灰度值，但我不太清楚如何在 Matlab 中做到這一點。有人可以幫我嗎？

鑒於我正在處理一個巨大的矩陣，而且我只對 object 的表面感興趣，有沒有人知道如何減少我的數據集大小的好技巧？

Answer 1

function surf(X,Y,Z) 允許您訪問 plot 3d 數據，其中 (X,Y) 給出 xy 平面中的坐標，而 Z 給出 z 坐標和表面顏色。

默認情況下，function 不會為 NaN 條目提供任何 plot，因此您應該使用沖浪 function 來訪問 go。

要將 surf-function 設置為使用灰度繪圖，請使用：

surf(matrix3d);
colormap(gray);

這將在表面 plot 中繪制矩陣並將顏色圖設置為灰度。

此外，據我了解您的數據，您可能能夠消除矩陣中的整個平面段。 例如，如果平面 A(1,1:2000,1:1000) 在所有條目中都是 NaN，您可以消除所有這些條目（因此條目 X=1 中的整個 Y、Z 平面）。 然而，這將需要一些繁重的 for 循環，這可能會超出頂部。 這取決於您有多少個數據矩陣，以及每個矩陣需要多少個不同的 plot。

Answer 2

我會嘗試給你一些想法。 我假設缺少直接 3D “表面檢測器”。

由於您有一個 3D 矩陣，其中 XY 平面是 CT 掃描切片，每個切片是一個圖像，所以我會嘗試找到每個切片的邊緣，比如edge 。 這將需要一些預處理，例如首先對每個切片圖像進行閾值處理。 然后我可以使用scatter3將邊緣數據顯示為 3D 點雲或delaunay3將邊緣數據顯示為表面。

我希望這將幫助您實現您的要求。

Answer 3

我設法讓它工作：

function [X,Y,Z,C] = extract_surface(file_name,slice_number,voxel_size)
LT          = imread(file_name);%..READ THE 2D MAP
BW          = im2bw(LT,1);%..THRESHOLD TO BINARY
B           = bwboundaries(BW,8,'noholes');%..FIND THE OUTLINE OF THE IMAGE
X           = B{1}(:,1);%..EXTRACT X AND Y COORDINATES
Y           = B{1}(:,2);
indices     = sub2ind(size(LT),X,Y);%..FIND THE CORRESPONDING LINEAR INDICES
C           = LT(indices);%..NOW READ THE VALUES AT THE OUTLINE POSITION
Z           = ones(size(X))*slice_number;

然后我可以用 plot 這個

figure
scatter3(X,Y,Z,2,C)

現在我唯一可以改進的是讓散點 plot 中的所有這些點都與一個曲面相連。 @upperBound 你為此建議了delaunay3 - 我不太清楚如何做到這一點。 你有小費嗎？