迭代地將特定行從CSV文件復制到新文件

Question

我有一個大的制表符分隔的csv文件，格式如下：

#mirbase_acc    mirna_name  gene_id gene_symbol transcript_id   ext_transcript_id   mirna_alignment gene_alignment  mirna_start mirna_end   gene_start  gene_end    genome_coordinates  conservation    align_score seed_cat    energy  mirsvr_score

我希望能夠做的是遍歷行並根據“gene_id”字段中的數據（字符串）選擇項目，然后將這些行復制到新文件中。

我是一個蟒蛇菜鳥，並認為這是一個讓我的腳濕潤的好方法，但它比看起來更難！ 我一直在嘗試使用csv包來操作文件，使用dictreader和dictwriter讀取和編寫基本的東西。 如果有人可以幫我提出迭代搜索方面的模板，我會非常感激。 到目前為止，我有：

import csv

f = open("C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\miRNA Scripting\mirna_predictions_short.txt", "r")
reader = csv.DictReader(f, delimiter='\t')
writer = open("output.txt",'wb')
writer = csv.writer(writer, delimiter='\t')

然后迭代位，bleurgh：

for row in reader:
    if reader.gene_id == str(CG11710):
        writer.writerow

這顯然不起作用。 關於更好的結構方法的任何想法？

Answer 1

你快到了！ 代碼幾乎正確:)

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訪問dicts是這樣的：

some_dict['some_key']

代替：

some_object.some_attribute

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使用str(...)創建字符串，但使用CG11710等CG11710

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在你的情況下：

for row in reader:
    if row['gene_id'] == 'CG11710':
        writer.writerow(row)

Answer 2

python中的字典像字典['key']一樣被處理。 所以對你而言，它是讀者['gene_id']。 字符串也用引號“text”聲明，而不是str（text）。 str（text）會嘗試將存儲在變量文本中的內容轉換為字符串，這不是我想要的。 writer.writerow也是一個函數，函數接受參數，所以你需要做writer.writerow（row）。