導致對象消失的函數

Question

我遇到過這種非常奇怪的情況。 基本上，我正在嘗試將累積分布函數擬合到數據的G函數。 這樣做之后，我想繪制模型和原始數據，並將其輸出為PDF。 我將允許代碼進行解釋（只需復制並粘貼）：

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

上面的代碼工作完美。

現在說到奇怪的部分。

當我將所有命令封裝在mydata <- swedishpines作為函數，並導致mydata作為該函數的輸入時，它將不再起作用。 下面的代碼應像最后一段代碼一樣執行，但不會。

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

ModelFit <- function(mydata) {

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

}

ModelFit(mydata)

發生以下錯誤：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'new_r' not found

我很困惑。 我已經為此工作了很長時間，但無法解決這個問題。 PDF已輸出，但已損壞，無法打開。 我不知道為什么new_r “消失”，但是這樣做會導致所有繪圖操作停止。 顯然， new_r是函數ModelFit局部ModelFit ，但似乎也似乎是函數的某些區域的局部變量。

任何幫助將不勝感激。

Answer 1

您在其中做很多隱式的事情……我建議您更明確地編寫事情。

具體來說， mydata.Gest$r <- new_r然后在繪圖公式plot(..., cbind(rs, theo) ~ r, ...)中用r替換new_r 。 這對我行得通。 不確定為什么它不能在函數外部而不是內部運行，而是依靠plot在mydata.Gest的本地范圍之外查找mydata.Gest的new_r是有風險的。

同樣，使用=將內容分配給數據幀中的列，而不是<-

從干凈的會話中：

data.frame(x<-1:10, y<- 1:10)
ls()

與

data.frame(x=1:10, y=1:10)
ls()