导致对象消失的函数

Question

我遇到过这种非常奇怪的情况。 基本上，我正在尝试将累积分布函数拟合到数据的G函数。 这样做之后，我想绘制模型和原始数据，并将其输出为PDF。 我将允许代码进行解释（只需复制并粘贴）：

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

上面的代码工作完美。

现在说到奇怪的部分。

当我将所有命令封装在mydata <- swedishpines作为函数，并导致mydata作为该函数的输入时，它将不再起作用。 下面的代码应像最后一段代码一样执行，但不会。

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

ModelFit <- function(mydata) {

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

}

ModelFit(mydata)

发生以下错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'new_r' not found

我很困惑。 我已经为此工作了很长时间，但无法解决这个问题。 PDF已输出，但已损坏，无法打开。 我不知道为什么new_r “消失”，但是这样做会导致所有绘图操作停止。 显然， new_r是函数ModelFit局部ModelFit ，但似乎也似乎是函数的某些区域的局部变量。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

您在其中做很多隐式的事情……我建议您更明确地编写事情。

具体来说， mydata.Gest$r <- new_r然后在绘图公式plot(..., cbind(rs, theo) ~ r, ...)中用r替换new_r 。 这对我行得通。 不确定为什么它不能在函数外部而不是内部运行，而是依靠plot在mydata.Gest的本地范围之外查找mydata.Gest的new_r是有风险的。

同样，使用=将内容分配给数据帧中的列，而不是<-

从干净的会话中：

data.frame(x<-1:10, y<- 1:10)
ls()

与

data.frame(x=1:10, y=1:10)
ls()