Matlab：創建3D立方體RGB並顯示它

Question

我會盡量准確而簡短。

我有一個體積（128x128x128）和一個掩碼（相同大小，[0 | 1 | 2]值）

我想讓3D體積矩陣成為帶有RGB的3D圖像，並在每個通道（紅色，綠色，藍色）中存儲掩模中標記的點。

這是通過拍攝3D立方體片段來使用2D表示，而不是一遍又一遍地計算它以使事情變得更快（在我的項目中非常重要），所以實際上，3D體積+ rgb就像一個商店適用於128個2D圖像。

問題是，我需要完成以下步驟： - 創建一個128x128x128x3卷？ - 定義新的色彩圖（原件是灰色的）？ - 加入每個頻道？ - 如何使用imagesc / whatever來顯示該多維數據集的一個切片，並在掩碼中標記顏色中的點（例如：imageRGB（：，：，64））？

這只是我的猜測，但我甚至不知道如何正確地做到這一點......我有點失落，我希望你能幫助我，這是一段可能有問題的代碼但可能會幫助你

% Create the matrix 4D
ovImg = zeros(size(volImg,1),size(volImg,2),size(volImg,3),3);    % 128x128x128x3
% Store in each channel the points marked as groups
ovImg(:,:,:,1) = volImg .* (mask==1);
ovImg(:,:,:,2) = volImg .* (mask==2);
ovImg(:,:,:,3) = volImg .* (mask==3);

非常感謝！！

更新：

我在透明度和色彩映射方面遇到了一些麻煩，這就是我所做的。

% Create the matrix 4D
ovImg = zeros(size(volImg,1),size(volImg,2),size(volImg,3),3);
% Store in each channel the points marked as groups
ovImg(:,:,:,1) = imaNorm.*(mask==1);
ovImg(:,:,:,2) = imaNorm.*(mask==2);
ovImg(:,:,:,3) = imaNorm.*(mask==3);

[X,Y,Z] = meshgrid(1:128,1:128,1:128);
imaNorm = volImg - min(volImg(:));   
maxval = max(imaNorm(:));        
ovImg  = imaNorm + mask * maxval;


N= ceil(maxval);
c = [linspace(0,1,N)' zeros(N,2)];
my_colormap = [c(:,[1 2 3]) ; c(:,[3 1 2]) ; c(:,[2 3 1])];

figure;
imshow(squeeze(ovImg(:,:,64)),my_colormap);

figure;
imagesc(squeeze(mask(:,:,64)));

結果（覆蓋圖像/掩碼） 有任何想法嗎？ 再次感謝大家

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最終更新：根據Gunther Struyf提出的另一種方法，我完全得到了我想要的東西。 謝謝你的伴侶，我真的很感激，希望這對其他人也有幫助。

Answer 1

您可以使用imshow和colormap從灰度圖像（你有）中“偽造”RGB圖像。 對於比例，我不會將其相乘，而是為該值添加偏移量，因此每個蒙版在顏色圖中都是不同的范圍。

為了繪制三維矩陣的切片，您可以將其索引，然后將其擠壓以移除生成的單個維度：

例：

[X,Y,Z]=meshgrid(1:128,1:128,1:128);
volImg =5*sin(X/3)+13*cos(Y/5)+8*sin(Z/10);
volImg=volImg-min(volImg(:));
mask = repmat(floor(linspace(0,3-2*eps,128))',[1 128 128]);

maxval=max(volImg(:));
ovImg=volImg+mask*maxval;
imshow(squeeze(ovImg(:,:,1)),jet(ceil(max(ovImg(:)))));

未掩蓋的原始圖像（ imshow(squeeze(volImg(:,:,1)),jet(ceil(maxval))) ）

導致掩碼（上面的代碼塊）：

有關不同的色彩映射，請參閱此處 ，或創建自己的色彩映射表。 例如，你的面具有三個值，所以讓我們匹配R，G和B：

N = ceil(maxval);
c = [linspace(0,1,N)' zeros(N,2)];
my_colormap = [c(:,[1 2 3]) ; c(:,[3 1 2]) ; c(:,[2 3 1])];
figure
imshow(squeeze(ovImg(:,:,1)),my_colormap);

這使：

其他方法：

現在我明白了你的問題，我發現你從一開始就做得很好 ，你只需要將變量重新調整為0到1之間的值，因為從imshow ：

可以在0.0到1.0的間隔內指定顏色強度。

您可以使用以下方法：

minval=min(volImg(:));
maxval=max(volImg(:));
volImg=(volImg-minval)/(maxval-minval);

接下來是你的代碼：

ovImg = zeros([size(volImg),3]);
ovImg(:,:,:,1) = volImg .* (mask==1);
ovImg(:,:,:,2) = volImg .* (mask==2);
ovImg(:,:,:,3) = volImg .* (mask==3);

你只需要現在繪制它：

imshow(squeeze(ovImg(:,:,64,:)))