在python中讀取ascii vtk文件並將其轉換為numpy數組

Question

我有一個vtk文件，其中包含未構造的點數據集。 它內部有幾個數據集（字段，電流，密度）。

我想在python中加載此文件，並將每個數據集轉換為numpy數組，以使用matplotlib進行繪制。 這個怎么做？

Answer 1

沒有文件示例，很難給出准確的答案。 但是據我對vtk文件的了解，它們可以在4行標題后包含ASCII或二進制數據。

如果vtk中的數據是ASCII，則

np.loadtxt(filename, skiplines=4)

應該管用。 同樣，如果您有一堆不同的字段，那么文件的結構可能會讓您感到棘手。

如果數據為二進制，則需要使用類似

filename.read()
struct.unpack()

要么

np.fromfile() 

Answer 2

解決方案由VTK軟件包中的vtk_to_numpy函數提供。 根據網格格式（結構化或非結構化），它可與Vtk網格閱讀器一起使用： vtkXMLUnstructuredGridReader是您的理想選擇。

示例代碼如下所示：

from vtk import *
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

# load a vtk file as input
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("my_input_data.vtk")
reader.Update()

#The "Temperature" field is the third scalar in my vtk file
temperature_vtk_array = reader.GetOutput().GetPointData().GetArray(3)

#Get the coordinates of the nodes and their temperatures
nodes_nummpy_array = vtk_to_numpy(nodes_vtk_array)
temperature_numpy_array = vtk_to_numpy(temperature_vtk_array)

x,y,z= nodes_nummpy_array[:,0] , 
       nodes_nummpy_array[:,1] , 
       nodes_nummpy_array[:,2]


(...continue with matplotlib)

可以在此線程中找到帶有Matplotib繪圖的較長版本： 使用Numpy的VTK到Maplotlib