R For循環執行Fisher測試 - 錯誤消息

Question

我的數據框看起來像這樣：

595.00000    18696      984.00200     32185    Group1  
935.00000    18356      1589.00000    31580    Group2            
40.00010     19251      73.00000      33096    Group3            
1058.00000   18233      1930.00000    31239    Group4                
19.00000     19272      27.00000      33142    Group5            
1225.00000   18066      2149.00000    31020    Group6  
....                 

對於我想做Fisher精確測試的每一組。

table <- matrix(c(595.00000, 984.00200, 18696, 32185), ncol=2, byrow=T)  
Group1 <- Fisher.test(table, alternative="greater")

試圖循環數據框：

for (i in 1:nrow(data.frame))  
 {  
 table= matrix(c(data.frame$V1, data.frame$V2, data.frame$V3, data.frame$V4), ncol=2, byrow=T)    
fisher.test(table, alternative="greater")  
}

但得到了錯誤信息

Error in fisher.test(table, alternative = "greater") :  
FEXACT error 40.  
Out of workspace.  
In addition: Warning message:  
In fisher.test(table, alternative = "greater")  :  
'x' has been rounded to integer: Mean relative difference: 2.123828e-06

如何解決此問題或者可能采用其他方式循環數據？

Answer 1

您的第一個錯誤是： Out of workspace

?fisher.test
fisher.test(x, y = NULL, workspace = 200000, hybrid = FALSE,
        control = list(), or = 1, alternative = "two.sided",
        conf.int = TRUE, conf.level = 0.95,
        simulate.p.value = FALSE, B = 2000)

您應該嘗試增加workspace （默認值= 2e5）。

但是，這種情況發生在您的情況下，因為您確實有巨大的價值。 根據經驗，如果矩陣的所有元素都大於5（或者在你的情況下是10，因為df = 1），那么你可以使用chisq.test通過卡方檢驗的獨立性來安全地近似它。 對於你的情況，我認為你應該使用chisq.test 。

並且出現warning message是因為您的值不是整數（595.000）等。因此，如果您真的想以遞歸方式使用fisher.test ，請執行此操作（假設您的數據位於df並且是data.frame ：

# fisher.test with bigger workspace
apply(as.matrix(df[,1:4]), 1, function(x) 
         fisher.test(matrix(round(x), ncol=2), workspace=1e9)$p.value)

或者，如果您希望用chisq.test （我認為您應該將這些巨大的值用於性能增益，而p值沒有顯着差異）：

apply(as.matrix(df[,1:4]), 1, function(x) 
         chisq.test(matrix(round(x), ncol=2))$p.value)

這將提取p值。

編輯1：我剛注意到你使用one-sided Fisher's exact test 。 也許你應該繼續使用Fisher測試更大的工作空間，因為我不確定是否有單側卡方檢驗的獨立性，因為它已經right-tail概率計算出來了（你不能將p值除以2作為其不對稱）。

編輯2：由於您需要具有p值的組名，並且您已經有data.frame，我建議您使用data.table包，如下所示：

# example data
set.seed(45)
df <- as.data.frame(matrix(sample(10:200, 20), ncol=4))
df$grp <- paste0("group", 1:nrow(df))
# load package
require(data.table)
dt <- data.table(df, key="grp")
dt[, p.val := fisher.test(matrix(c(V1, V2, V3, V4), ncol=2), 
                workspace=1e9)$p.value, by=grp]
> dt
#     V1  V2  V3  V4    grp        p.val
# 1: 130  65  76  82 group1 5.086256e-04
# 2:  70  52 168 178 group2 1.139934e-01
# 3:  55 112 195  34 group3 7.161604e-27
# 4:  81  43  91  80 group4 4.229546e-02
# 5:  75  10  86  50 group5 4.212769e-05