使用 pymatgen 從結構中獲取圖形

[英]Get graph from a structure with pymatgen

給定一個 cif 文件，我想獲得某種材料的圖形表示（作為數據結構）。 我正在嘗試使用代表 CrN 晶胞的cif 文件。 我正在嘗試使用 pymatgen 的 StructureGraph 類，但我遇到了一些問題。 在此鏈接中，他們建議使用with_local_env_strategy()方法，但是 ...

根據列中的數據變量選擇行並刪除其他行

[英]Select rows based on data variable in column and remove others

我創建了一個數據框（df）： 現在我只想選擇那些包含 ('symbol': 'Pm-3m') （或 'hall': '-P 4 2 3' 或 'number': 221, ）的行。 我嘗試過這種方式，但這不會對 Dataframe 進行任何更改。 我的清單包含 2000 多個項目，我只展示了 ...

獲取具有下標和特定格式的字符串的所有組合

[英]Getting all combinations of a string with subscript and specif format

我見過各種組合格式。 但我必須嘗試一些新的東西。 可以說，我們有三個列表： A的所有元素都與B相同。 現在我需要以下列格式創建所有可能的組合： 其中 A2 (is A_{2}) 是 'A'，下標為 2，組合中為 A!=A'。 這是我到目前為止所嘗試的： 上面的代碼不適用於Br和Cl我 ...

無法導入 pymatgen.core“沒有名為‘pymatgen.core’的模塊”

[英]Can't import pymatgen.core "No module named 'pymatgen.core'"

我使用pip install pymatgen和 Python 3.9.1 on Windows 10 安裝 pymatgen，但出現以下錯誤： 我也嘗試安裝之前的 2 個版本，但仍然出現相同的錯誤，盡管我已經可以在 pip 列表中看到它 我錯過了什么？ ...

ipython 沒有錯誤，jupyter 有錯誤 ModuleNotFoundError: No module named 'ruamel'

[英]ipython no error, jupyter has error ModuleNotFoundError: No module named 'ruamel'

我在 Jupyter 中運行名為 pymatgen 的 Python package。 Jupyter 和 pymatgen 安裝在 conda 環境中。 我已經使用 conda 的 python3 手動安裝了 ruamel，但是發生了同樣的錯誤。 奇怪的是，相同的代碼（在這種情況下只是一個庫加 ...

Pymatgen 安裝問題與 Anaconda python 3.8？ 未找到 Monty 模塊？

[英]Pymatgen Installation issue with Anaconda python 3.8 ? Monty module not found?

我渴望開始使用材料模擬。 我在嘗試使用 Anaconda 安裝 Pymatgen 時遇到問題。 這是我做的事情。 我正在使用 Win 8.1 x64，Python 3.8。 首先，我嘗試通過命令提示符使用“conda install -c conda-forge pymatgen”安裝Pymatg ...

保存/存儲 pymatgen 結構

[英]Saving/Storing pymatgen Structures

我目前正在處理一個包含各種信息的材料科學數據集。 特別是，我有一列“結構”，其中包含幾個pymatgen.core.Structure對象。 我想將此數據集保存/存儲為.csv文件或類似文件，但問題是在完成此操作並重新打開之后，pymatgen 結構失去了它們的type ，變成了格式化字符串，我無法 ...

Google Colab 在安裝 pymatgen 時顯示錯誤

[英]Google Colab shows error while installing pymatgen

我正在嘗試通過以下命令在 Google colab 中安裝 pymatgen： 這會引發以下錯誤： 嘗試安裝以下內容： 這會引發以下錯誤： 請幫助解決這個問題。 ...

通過 MPRester 查詢材料時出現 IProgress 錯誤

[英]IProgress Error while material query via MPRester

我在spyder3中使用 python 3.8 。 我在執行以下操作時遇到錯誤： 錯誤是： 在處理上述異常的過程中，又出現了一個異常： 但我沒有使用Jupyter notebook並且ipywidgets已更新。 在Google 協作中工作時不會發生此問題。 ...

which() 命令只能用./

[英]which() command can find executable only with ./

我正在使用 pymatgen，它有一個 class BaderAnalysis （ https://github.com/materialsproject/pymatgen/blob/v2020.4.29/pymatgen/command_line/bader_caller.py ）。 這個 cl ...

如何使用 Python For 循環寫入文件

[英]How to writing files using Python For-loop

我是 SO 和自學 Python 的新手。 我正在使用 Pymatgen 來研究計算材料科學，我有一個一直在努力解決的問題，但在任何地方都找不到答案。 我有一個像圖片一樣的腳本輸出列表。 我想使用 for 循環寫入不同的文件以進行可視化。 我一直在像下面的腳本一樣手動編寫輸出，並希望使用 for ...

pymatgen 的命令行實用程序

[英]command line utility of pymatgen

我已經安裝了 python 包 pymatgen 並且當我在我的 Jupyter 筆記本中使用它時它完美地工作。 但是，現在我想按照此處指定的方式進行 POSCAR 設置： https : pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP& ...

在 Pymatgen 中使用 SlabGenerator 切割特定終止

[英]Cleave specific termination with SlabGenerator in Pymatgen

我正在嘗試使用 pymatgen 模型來切割 Fe2O3 和 Al2O3 上的特定終止。 在 SlabGenerator 中，其參數之一是 in_unit_planes(bool)，默認 =false。 它在說明中說我可以在Angstrong或以hkl飛機為單位進行設置。 有誰知道“以 hkl 平 ...

Pymatgen：如何將查詢結果轉換為結構

[英]Pymatgen: How to convert query result to structure

我們有現有的代碼來獲取許多材料（> 60,000）的一些材料屬性。 但是對於這個項目，我們需要特定形式的信息，即結構。 我可以通過單獨為每個材質 ID 調用它們來輕松獲得這些結構： 在 matproj.py 中調用此 function： 問題是，這需要很長時間（> 4 小時），有時會在調 ...

從表面活性劑結構對象中提取坐標和原子類型

[英]Extracting the coordinates and atom types from a pymatgen structure object

例如，提取原子坐標列表[[x1，y1，z1]，[x2，y2，z2]，...]和原子種類列表的語法是什么。 來自pymatgen結構對象的[1,1,1,1，...]？ ...

原子的直角坐標旁邊的坐標列表在鄰居列表中表示什么

[英]What Does the coordinate list next to the cartesian coordinates of an atom represent in neighbor_list

我試圖通過使用以下腳本通過使用min_dist方法來分析使用pymatgen.analysis.local_env模塊獲得的結果： 我得到以下輸出，其一部分如下所示。 我知道（）中的第一個坐標是笛卡爾坐標。 我以為[]中的坐標是周期性圖像，但是當我分析它們時，我對此表示懷疑。 任何 ...

使用pymatgen在vasp poscar中的原子周圍隨機添加原子

[英]add atoms randomly around an atom in vasp poscar using pymatgen

我試圖在VASP POSCAR中找到所有類型A的原子，然后使用pymatgen在以類型A原子的每個位點為中心的半徑（r）的球體中隨機添加類型B的“ n”個原子，並每次返回a新的POSCAR。 ...

Pymatgen XRD圖

[英]Pymatgen XRD Plot

我正在關注XRD繪圖教程，並且按照本教程中的說明進行了導入 在定義結構后，我嘗試使用以下命令對其進行繪制 但是我碰到了這個錯誤： 'no attribute'show_xrd_plot' 我應該怎么做才能使它正常工作，非常感謝，感恩節快樂 ...

Pymatgen-安裝模塊[pymatgen.apps.borg.queen]

[英]Pymatgen- Installing modules [pymatgen.apps.borg.queen]

這是一個非常基本的問題，但我堅持了下來。 我已經安裝了pymatgen並遵循此階段圖教程。 為什么我嘗試導入pymatgen.borg它給了我一個錯誤 我想我需要安裝pymatgen.borg，所以要安裝pymatgen.borg.queen模塊，我使用了以下命令 但它不起作用， ...

相對於晶軸的磁矩？

[英]Magnetic moments relative to crystal axes?

我正在使用pymatgen編寫.mcif文件。 我的結構始終沿z具有4的共線磁矩，但是在將它們寫入文件之前，我注意到pymatgen用函數Magmom.get_moment_relative_to_crystal_axes（）對其進行了轉換。 我的問題是： 該功能到底做什么？ ...