我需要 biomaRT，但它没有安装。 我该如何解决？ BiocManager::install("biomaRt") 'getOption("repos")' 替换 Bioconductor 标准存储库，有关详细信息，请参阅 '?repositories' 替换存储库：CRAN： https ...
我通常使用 biomaRt 将基因 ID 转换为符号。 但是，这一次我（对于狗）拥有的集成 ID 与 biomart 数据集“clfamiliaris_gene_ensembl”的集成 ID 不匹配。 我还尝试使用 ensembl web 门户，那里的狗数据集称为 ROS_Cfam_1.0。 看起来 ...
我在使用 bioconductor 安装 biomaRt 时遇到问题。 I have already install this package without error in Rstudio with R 3.6 but with R 4.0 in conda specific environm ...
一个生物信息学编程问题。 在 R 中，我有一个经典的物种 A 到物种 B 基因符号转换，在这个例子中是从小鼠到人类，我使用 biomaRt 执行，特别是 getLDS function。 但是，我想获取链接数据库中存在的所有 id：换句话说，所有鼠标/人类对（在此示例中）。 告诉getLDS fun ...
我有一个基于许多文件创建的数据集列表。 我正在尝试自动执行此操作： 这是正确使用所有数据集，但没有正确输出！ 我需要“合并”的最终输出对于我的“my.list3”列表中的每个数据集都是唯一的，并且与原始数据集同名 有任何想法吗？ ...
问题 我正在尝试安装biomaRt R 包，但我遇到了问题。 我还注意到同样的问题也出现在其他一些包中，比如twitteR 。 似乎是与curl相关的问题。 当我运行以下安装命令时： 我收到以下错误消息： 题 你有没有经历过类似的事情？ 如果是这样，你是如何解决的？ 尝试解决 尝试按 ...
我有同样的问题查询区域内的基因，但数据很大并且产生了某些问题。 我的数据就像 . . . d<-read.table("1.txt") 我的问题是我们可以在这段代码中循环并打印基因名称吗？ 对于一定的运行间隔。 ...
我最近使用 30 个不同的 RNA-seq 样本制作了一个无监督的分层集群热 map。 x 轴标记为每个样本的名称，y 轴显示以小鼠 Ensembl ID 表示的 100 个最可变基因（例如 ENSMUSG00000020573）。 我只是想知道在将 Ensembl ID 输入到 pheatmap ...
我有一个基因表达数据的大型数据集，我正在尝试使用 RStudio 中的 biomaRt 将基因标识符转换为基因名称，但是由于某种原因，当我在我的数据帧上使用合并 function 时，我的整个数据表合并错误/抹去。 我在这里查看了以前的问题，但无论我尝试什么，我的代码似乎都无法正常工作。 无限感谢！ ...
我有一个由 ensembl_gene_id 列出的 RNA-seq 数据的大型数据表，但我想转换为 hgnc_symbol，以便于热图上的可视化。 到目前为止，我有以下代码 - 但不知道如何继续。 从一开始就转换名称会更好，还是仅在子集数据上转换？ I am also more familiar ...
我正在尝试使用 bioconductor 的 getBM() function 来检索某些基因的序列。 这是我的脚本： 这个脚本给了我以下错误： 我无法理解。 谁能帮我解决这个问题？ 谢谢！ ...
与无法使用 biomaRt 包从 Entrez ID 获取基因符号相关 代码工作得很好，但我想将它保存到我当前的CSV 文件中，而不仅仅是“查看”它（添加一个额外的列也可以完成这项工作，我得到了超过 65k 个 id） ...
使用 biomaRt 包执行 R 命令时，我经常收到错误“内部服务器错误 (HTTP 500)”。 使用基本命令，例如 但是，这些命令有时会起作用。 我不确定这是否是 Biomart 服务器端的问题，或者是否有什么可能导致我端出现问题，例如旧包（我尝试重新安装 Biomart）。 有没有人处理过 ...
我有一个名为kidney_ensembl的数据集，我需要将 Ensembl ID 转换为基因名称。 我正在尝试下面的代码，但它不起作用。 有人可以帮助我吗？ 我知道有类似的问题，但他们没有帮助我。 非常感谢！ 从 Ensembl 基因 ID 转换为不同的标识符 如何将 Ensembl ID 转换为 ...
对于拟南芥（Arabidopsis thaliana），我有来自CLC基因组学工作台的RNA-seq读数的输出。 基因列表包含基因名称（即“TRY”，“TMM”，“SVP”，“FLC”）和ID（例如“AT1G01390”，“AT1G01310”，“AT1G01240”）的混合物。 我想将它们 ...
我有以下代码（来自此处 ）： 但是当我检查G_list时 ： 它是空的。 我了解原因： 这里是我的ensembl_gene_id 基因的一些示例： 如果我将此ID赋予getBM（） ，则它不返回任何内容。 但是，如果我删除像这样的点和点之后的数字： 我得 ...
我正在尝试安装Biomart软件包，我使用了这段代码： 我收到这条警告信息： 有人帮忙吗？ 谢谢。 ...
我已经从NIH GEO下载了一个广泛的数据集，并试图将第一列中的Ensembl名称转换为MGI符号 我命名为SOD的表如下所示 SOD数据-总行数= 15,396 我使用以下代码： 这将输出具有超过55,000行的合奏和MGI符号列表。 我尝试将filter = ...
我正在尝试将基因名称列表转换为entrez基因ID。 现在我有这个： 这将创建一个带有entrez基因ID和名称的表。 但是，如何根据基因列表过滤出ID？ 这是基因名称列表的一个示例： 基因名称 它只是一个excel文件，总共有数百个基因名称。 希望有人可以帮助 ...
我从 Canis Lupus（狗）那里继承了一个 RNAseq 输出数据的数据集。 我有 Ensembl 格式的基因标识符，特别是它们看起来像这样，ENSCAFT00000001452.3。 我正在尝试使用 bioMaRt 将它们转换为更常见的 ID 并需要帮助。 我对 R 很陌生，认为自己很无知。 ...