更改默认plot.gam图的Y轴

Question

我使用mgcv包在R中运行GAM，格式如下：

shark.gamFINAL <- gam(ln.raw.CPUE...0.1 ~ Year + Month + 
                      s(Mean.Temp, bs = "cr") + s(Mean.Chl.a, bs = "cr") + 
                      s(Mean.Front.density, bs = "cr"), data=r, family=gaussian)

运行此模型并计算每个变量解释的百分比偏差后，我想绘制每个变量对响应的影响

但是，当我在R中使用plot.gam函数时，我的图形出现了一个"s(predictor variable, edf)"轴"s(predictor variable, edf)"

我不确定y轴的这个比例代表什么？

有没有办法可以将y轴范围更改为代表响应的范围，如本文所述：Walsh和Kleiber（2001），'蓝鲨（Prionace glauca）捕获的广义加性模型和回归树分析图3中基于夏威夷的商业延绳钓渔业的费率。

我会发布一些我正在描述的情节的例子，但由于这是我的第一篇文章，我没有至少10个声望，所以它不会让我这样做！

我搜索了许多网站和论坛试图找到答案，但无济于事，因此非常感谢任何帮助！

Answer 1

轴是居中平滑所取的值。 它是对该平滑函数的拟合值的贡献（在协变量的值处）。

更改y轴标签很容易 - 提供您想要的ylab参数。 这当然意味着如果您想为每个绘图分别设置y轴标签，则必须单独绘制每个平滑图。 在这种情况下，还可以使用select参数绘制特定的平滑函数，例如：

layout(matrix(1:4, ncol = 2, byrow = TRUE)
plot(shark.gamFINAL, select = 1, ylab = "foo")
plot(shark.gamFINAL, select = 2, ylab = "bar")
plot(shark.gamFINAL, select = 3, ylab = "foobar")
layout(1)

我知道更改y轴刻度的唯一方法是手动构建绘图。 这些图没有模型常数项的贡献，加上其他参数项。 如果您的模型只有一个截距和一个平滑，您可以在该协变量范围内生成新数据，然后从模型中predict这些新数据值，但使用type = "terms"来获得平滑的贡献。 然后，绘制从返回的值predict加上价值"constant"通过返回的属性 predict 。

在您的情况下，您需要在预测时控制其他变量。 一种方法是将所有其他协变量设置为它们的均值或典型值，但允许感兴趣的协变量在其范围内变化，如前所述。 然后，你总结了由predict(shark.gamFINAL, newdata = NEW, type = "terms")返回的矩阵的每一行中的值predict(shark.gamFINAL, newdata = NEW, type = "terms") （其中NEW是要预测的新数据帧，改变一个协变量，但保留其余的一些典型值），再加上常数。 您必须依次为每个协变量重复此操作（即每个绘图一次），因为您需要将其他协变量保持在典型值。

所有这一切都是在轴上移动比例 - 模型中没有任何平滑与模型中的其他平滑或项相互作用，因此可能更容易将y轴视为对每个平滑的响应的影响？