更改默認plot.gam圖的Y軸

Question

我使用mgcv包在R中運行GAM，格式如下：

shark.gamFINAL <- gam(ln.raw.CPUE...0.1 ~ Year + Month + 
                      s(Mean.Temp, bs = "cr") + s(Mean.Chl.a, bs = "cr") + 
                      s(Mean.Front.density, bs = "cr"), data=r, family=gaussian)

運行此模型並計算每個變量解釋的百分比偏差后，我想繪制每個變量對響應的影響

但是，當我在R中使用plot.gam函數時，我的圖形出現了一個"s(predictor variable, edf)"軸"s(predictor variable, edf)"

我不確定y軸的這個比例代表什么？

有沒有辦法可以將y軸范圍更改為代表響應的范圍，如本文所述：Walsh和Kleiber（2001），'藍鯊（Prionace glauca）捕獲的廣義加性模型和回歸樹分析圖3中基於夏威夷的商業延繩釣漁業的費率。

我會發布一些我正在描述的情節的例子，但由於這是我的第一篇文章，我沒有至少10個聲望，所以它不會讓我這樣做！

我搜索了許多網站和論壇試圖找到答案，但無濟於事，因此非常感謝任何幫助！

Answer 1

軸是居中平滑所取的值。 它是對該平滑函數的擬合值的貢獻（在協變量的值處）。

更改y軸標簽很容易 - 提供您想要的ylab參數。 這當然意味着如果您想為每個繪圖分別設置y軸標簽，則必須單獨繪制每個平滑圖。 在這種情況下，還可以使用select參數繪制特定的平滑函數，例如：

layout(matrix(1:4, ncol = 2, byrow = TRUE)
plot(shark.gamFINAL, select = 1, ylab = "foo")
plot(shark.gamFINAL, select = 2, ylab = "bar")
plot(shark.gamFINAL, select = 3, ylab = "foobar")
layout(1)

我知道更改y軸刻度的唯一方法是手動構建繪圖。 這些圖沒有模型常數項的貢獻，加上其他參數項。 如果您的模型只有一個截距和一個平滑，您可以在該協變量范圍內生成新數據，然后從模型中predict這些新數據值，但使用type = "terms"來獲得平滑的貢獻。 然后，繪制從返回的值predict加上價值"constant"通過返回的屬性 predict 。

在您的情況下，您需要在預測時控制其他變量。 一種方法是將所有其他協變量設置為它們的均值或典型值，但允許感興趣的協變量在其范圍內變化，如前所述。 然后，你總結了由predict(shark.gamFINAL, newdata = NEW, type = "terms")返回的矩陣的每一行中的值predict(shark.gamFINAL, newdata = NEW, type = "terms") （其中NEW是要預測的新數據幀，改變一個協變量，但保留其余的一些典型值），再加上常數。 您必須依次為每個協變量重復此操作（即每個繪圖一次），因為您需要將其他協變量保持在典型值。

所有這一切都是在軸上移動比例 - 模型中沒有任何平滑與模型中的其他平滑或項相互作用，因此可能更容易將y軸視為對每個平滑的響應的影響？