R比较特征以创建距离矩阵

Question

我有一个R问题。 我有一个算法可以做到这一点，但我想知道是否有更巧妙的方法可以做到以下几点：

假设您具有以下矩阵：

        [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0

现在，我想创建另一行，将每一行与另一行之间的差异矩阵（即距离矩阵）类似（尽管我将其填充一半，但它只是获得顶部的镜像）：

       [,A] [,B] [,C] [,D] [,E] [,F]
[A,]    0     
[B,]    1    0     
[C,]    2    1    0     
[D,]    3    2    1    0    
[E,]    2    3    4    3    0
[F,]    4    5    4    3    2    0

我的方法是使用一个循环，将每一行的列与下面的行的相应列进行比较，但是使用较大的矩阵效率不高。 关于如何做得更好的任何想法？

谢谢

Answer 1

如在使用dist和manhattan方法的评论中所说：

dt <- read.table(text='     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0')

mm <- as.matrix(dt)
dist(mm,method='manhattan' ,diag=TRUE)

      [A,] [B,] [C,] [D,] [E,] [F,]
[A,]    0                         
[B,]    1    0                    
[C,]    2    1    0               
[D,]    3    2    1    0          
[E,]    2    3    4    3    0     
[F,]    4    5    4    3    2    0