R比較特征以創建距離矩陣

Question

我有一個R問題。 我有一個算法可以做到這一點，但我想知道是否有更巧妙的方法可以做到以下幾點：

假設您具有以下矩陣：

        [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0

現在，我想創建另一行，將每一行與另一行之間的差異矩陣（即距離矩陣）類似（盡管我將其填充一半，但它只是獲得頂部的鏡像）：

       [,A] [,B] [,C] [,D] [,E] [,F]
[A,]    0     
[B,]    1    0     
[C,]    2    1    0     
[D,]    3    2    1    0    
[E,]    2    3    4    3    0
[F,]    4    5    4    3    2    0

我的方法是使用一個循環，將每一行的列與下面的行的相應列進行比較，但是使用較大的矩陣效率不高。 關於如何做得更好的任何想法？

謝謝

Answer 1

如在使用dist和manhattan方法的評論中所說：

dt <- read.table(text='     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[A,]    0    0    0    0    1
[B,]    0    0    0    1    1
[C,]    0    0    1    1    1
[D,]    0    0    1    1    0
[E,]    1    0    0    0    0
[F,]    1    1    1    0    0')

mm <- as.matrix(dt)
dist(mm,method='manhattan' ,diag=TRUE)

      [A,] [B,] [C,] [D,] [E,] [F,]
[A,]    0                         
[B,]    1    0                    
[C,]    2    1    0               
[D,]    3    2    1    0          
[E,]    2    3    4    3    0     
[F,]    4    5    4    3    2    0