如何在python中将图像转换为16bit zip（deflate）压缩TIF？

Question

我们从服务器中的工业传感器获得了50TB的16位无压缩TIF图像，我们希望使用python将它们压缩为无损压缩。 使用python因为使用Python来传递我们的数据库更容易。

然而，经过数小时的搜索和文档阅读，我发现甚至没有一个成熟的python库可以将16位TIF转换为zip压缩的tif。 最新的PIL无法将压缩的tif，OpenCV硬编码输出文件写入LZW，而不是zip（deflate）。 并且在smc.freeimage，PythonImageMagick中没有足够的文档，所以我不知道他们是否可以做到。 我也发现这个tifffile.py ，它的源代码中似乎有一些关于压缩的东西，但是没有示例代码让我了解如何为输出配置压缩选项。

当然我可以使用外部可执行文件，但我不想在这里使用python作为脚本语言。

所以，我真的很感激，如果有人在这里给我一个有效的例子，谢谢。

更新：

cgohlke的代码工作，在这里我提供另一个轻量级的解决方案。 从这里查看修补的pythontifflib代码https://github.com/delmic/pylibtiff 。

来自谷歌代码的原始PythonTiffLib不能很好地处理RGB信息并且它对我的数据不起作用，这个修补版本可以正常工作，但是因为代码非常陈旧，这意味着PythonTiffLib可能无法很好地维护。

使用这样的代码：

from libtiff import TIFF

tif = TIFF.open('Image.tiff', mode='r')
image = tif.read_image()

tifw = TIFF.open('testpylibtiff.tiff', mode='w')
tifw.write_image(image, compression='deflate', write_rgb=True)

Answer 1

PythonMagick在Windows上适用于我：

from PythonMagick import Image, CompressionType
im = Image('tiger-rgb-strip-contig-16.tif')
im.compressType(CompressionType.ZipCompression)
im.write("tiger-rgb-strip-contig-16-zip.tif")

Scikit-image包含FreeImage库的包装器：

import skimage.io._plugins.freeimage_plugin as fi
im = fi.read('tiger-rgb-strip-contig-16.tif')
fi.write(im, 'tiger-rgb-strip-contig-16-zip.tif',
         fi.IO_FLAGS.TIFF_ADOBE_DEFLATE)

或者通过tifffile.py ,2013.11.03或更高版本：

from tifffile import imread, imsave
im = imread('tiger-rgb-strip-contig-16.tif')
imsave("tiger-rgb-strip-contig-16-zip.tif", im, compress=6)

这些可能不会保留所有其他TIFF标记或属性，但问题中未指定。